二、存在的问题
(一)事业单位配套改革力度不大
主要体现在以下几方面：一是干部职工思想守旧，“不患寡而患不均”的大锅饭思想依然存在，致使一些自收自支事业单位和差额拨款事业单位在改革中手脚放不开，力度不大，没有新的成绩，单位缺少发展新生活力。二是全额拨款事业单位管理方式过于单一，人员严重超编，人员能进不能出，能上不能下，要辞退和处理一些人员十分困难，严重阻碍党政机关机构改革的进一步深化。三是用人机制不够灵活，一些事业单位由于适当放开和强调自主权，有关部门对其人员调入缺乏必要的监督和约束，进入的人员并不一定工作需要，造成人员膨胀。
(二)事业单位的配套改革不彻底
主要体现在以下几方面：一是基层服务体系出现人散、线断，一些基层技术服务人没不到位，功能缺失，服务作用弱化。二是人事制度改革制度执行不到位，没有严格执行相关人事制度改革要求，出现工作安排上级业务部门抢着管，人员待遇没人管局面，影响干部职工工作积极性。三是由于各事业单位特别是乡镇事业单位，经济条件差，又没有相关政策扶持，对事业单位改革政策难以执行到位。
(三)事业单位权责不对称，职能转变滞后
事业单位机构改革后，许多经济和社会事务管理职能上移，如林业、公安等，基本都上划条管理，而实际工作中，却仍然由地方政府履责和承担，造成在工作中既缺乏相应的职能和手段，难以有效发挥政府的协调服务等相关职能，管理经济社会事务服务能力被弱化。同时，事业单位干部管理体制上也引入聘任制，处级以下事业单位的干部要层层签订聘任合同，科级干部全部实行聘任制，教体、环保、广电、民政等部门对环节干部实行公开竞聘。