3.江南传统村落保护存在的主要问题
作为中国传统农耕文明代表的江南传统村落，一段时期以来不断消亡，破解保护难题，留住文化记忆，已迫在眉睫，可以说“再不保护就悔之莫及了”。
1.资金匮乏。这是普遍存在的问题，需要投入的资金也很大，仅靠乡级、村级的财力往往难以支撑。目前文保部门、林业局、农委等部门的拨款，要靠村干部各显神通去奔走争得，省级拨款在经费使用过程中也有诸多限制，不便操作，缺乏专项拨款使保护工作十分艰难。但也有个别村落表示并不缺少保护资金，主要问题是村干部没有什么保护设想和实际开展保护工作。
2.土地紧张。因保护古建原有风貌而产生的安置原住民外迁的土地置换需求普遍存在。如上海浦江的革新村，一方面由于“大居”市政配套建设占用了浦江镇12平方公里的建设用地指标，另一方面，对于古村落内占地面积大的文保单位又不允许异地保护，导致了该村对置换用地的需求格外突出。浙江的情况也类似，个别村落用林地置换建设用地的方式部分解决了这一问题，如杭州的石舍村等。江苏的情况不太严重，大部分村落都有配套用地指标。
3.产权复杂。大部分传统村落存在古建产权分属国有、集体及私人所有的复杂状况，维修与保护时很容易出现纠纷和冲突。上海有三座古村落存在着这个问题。浙江的后吴村将村内文保单位都置换为集体所有，绍兴县稽东镇冢斜村的解决办法是“集体和住户按比例出资修缮”，江苏的明月湾村的产权全部属于私人，但是由政府租用，并修缮、管理、经营等，因此整村的风貌保存较完整。
4.政策缺位与机制不畅。近一半的村落负责人表示，缺乏好的、有效的土地置换政策、文物保护政策及保护资金使用规则等，严重影响村落保护工作的进行，一些村干部产生了后悔申报传统村落的情绪。由于缺乏后期监管及上级支持，个别传统村落还拆了部分老宅。
5.观念与态度冲突。由于村民缺少主动保护的意愿及村干部受经济驱动导致的传统村落物质文化遗产大量损坏很普遍。在干群关系不和谐的地方，一些村民为了置换房屋故意损坏老宅。许多村落最初以血亲与族亲关系自发筹集保护资金，但随着外来临住人口增多，村民主人意识缺失，参与度与道德感同步下降。村落保护经济效益不明显，村干部保护积极性普遍不高。
6.人才缺乏与管理不善。上海的革新村有着丰富的非物质文化遗产，但却面临“政府贴钱办书场，也无市场”的尴尬。浙江冢斜村负责人指出，目前古村保护急缺懂古建修缮的老匠人。此外，还存在村委、区/县建管所、城规处、市政科、房管处、旅游开发公司等多个部门的“多头管理”问题，不利于总体保护发展。
7.可持续发展模式存忧。推动江南传统村落保护，涉及到新农村建设走什么道路的问题：一种模式是走工业化、发展乡镇企业，村镇最后都变成城市。目前受破坏比较严重的都是这种模式，不仅破坏了乡村资源和景观，也牺牲了其自身独特的文化传统。另一种模式是上海市嘉定区的“毛桥模式”，政府以较少的投入，通过改善农民的居住、卫生条件，实行农业文化保护，推进农村环境的景观化，走一条经济增长比较平缓、人与环境相对友好、社会进步与文化传统较为和谐的新型发展道路。