一、组织机构
毛盖图苏木党委政府对该项目建设十分重视，拟成立政府苏木达任组长，苏木人民政府、农牧业综合服务站等单位参加的良繁基地协调领导小组，专门负责该项目的组织协调以及处理和解决涉及与地方有关的疑难问题。并成立了项目领导小组，作为项目建设的决策机构，对项目建设实行全面领导。领导小组下设办公室和有关职能部门，对口负责各自的工作。具体组织管理体系见图。
二、经营管理模式
本项目采劝公司+基地”的模式进行运作和经营。在整个项目的运行结构中，饲草料基地为养殖基地提供饲料，基础畜种由工作人员进行饲养和日常管理，科技服务体系的整个良繁基地提供全方位的技术服务，项目各环节形成了一个相互依存、相互促进、不可分割的利益共同体。基地工作人员在这一共同体中承担着繁育以及仔畜到架子牲畜的饲养任务。领导小组作为本项目的建设主体，承担着牲畜的改良、科技服务。在项目建成后，各环节之间，即饲料种植与良繁基地之间，工作人员与良繁基地之间都要在领导小组的管理和监控、协调下进行单独核算，相互这间通过合同契约，按照市场机制进行商业化运作，通过利益杠杆，最大限度地调动各方面的积极性，实现经济效益、社会效益的最大化。不少地方的实践证明，这一运作模式符合规模养殖业的内在要求，有利于推动农牧业产业化持续、稳定、健康发展。
三、项目建设的内部管理
项目资金实行专人、专户管理，并由项目总部统一调拨和支配，要建立健全财务规章制度，严格实行专款专用，严禁项目资金挪作他用，提高资金效率，保证资金安全运转，对项目内物品购进要多方均价降低成本，节约投资，提高质量。要分类制订详细的项目技术标准，在具体施工中严格执行。要建立项目检测评价，聘请有关专业人员对项目建设的质量优劣、资金使用情况、工程进度、效率等进行全面评价，发现问题及时改正，确保项目建设的顺利进行。