二、注册会计师在小规模企业审计中遇到的企业内控制度的主要问题
1.内部控制环境弱化，控制体系不完善，使注册会计师对被审计单位内控制度的信任度大打折扣
目前我国很大一部分小规模企业不重视内控制度的建立，习惯于行政指挥、家长制管理的现象还普遍存在。企业普遍存在没有成文的内控制度，即使有制度也是为了应付有关部门的检查，具体的内部控制更无从谈起。相关的内控关键点失控，不履行相应的书面手续，注册会计师收集内部控制的证据犹如大海捞针、费时费力，难以保证审计效率和执业质量基本目标的实现，还有很多小规模企业内控制度尚未建立，更谈不上内控制度的履行。具体表现形式如：一是货币资金收付没有履行相关手续，无专职出纳管理现金，以致出现账面现金结存不符实际，同时有的企业银行账和企业账长期不符；二是材料收发没有相关手续，带来成本核算不实；三是销售结算环节失控，形成账外收入等等。
2.会计系统设计未考虑内控制度，会计凭证依赖的原始凭证履行形式上的手续，使注册会计师难以把握内部控制的实质
近年来，财政部对会计要素的确认和计量，对财务会计报告的信息提供和披露都制定出具体的准则和制度，对内控制度的建立已出台相应的规范，但对不建立内控制度的企业缺少相应的制约措施和处罚力度。具体到每一单位的会计系统设计形成了五花八门的局面，使注册会计师对内控制度的评价难以形成一般性认识。
由于会计系统的设计承袭了计划经济时代的陋习，会计凭证依赖的原始凭证过于简化，因此注册会计师从会计资料中往往找不出内控制度运行的有效证据，在财务会计报表中，只重视会计报表的提供，忽视财务情况分析和会计报表附注编制，只研究如何满足有关行政管理部门的需要，少研究利用财务会计信息加强内部管理。
3.小规模企业普遍缺乏成文的内控制度，对同一被审计单位，不同注册会计师所作的评价有时大相径庭
不同的经济单位应具有不同的内部控制模式。大中型企业人员分工较为细致，内部控制程序也严密，而小规模企业为了有效利用人力资源，内控制度显得粗略一些。《独立审计准则第九号———内部控制和审计风险》要求注册会计师应当审查企业的内部控制情况，注册会计师对不同的经济单位，如果企业没有建成内控制度，就缺乏评价的具体标准和尺度，就不能进行量化处理，仅凭抽象的专业性判断难以使人信服，一旦判断失误，将导致审计报告失真。