二、高校推行预算执行绩效审计主要难点
（一）审计经验缺乏
目前，我国高校绩效审计正处于起步阶段。由于过去较注重财务收支、财务会计等“查弊纠错式”的审计，而忽视了效益审计和绩效审计。大部分高校以财务收支审计为主，绩效审计只在审计基建专项资金时使用，对高校经常性经费的绩效审计尚未开展。实践中既没有明确高校开展预算执行绩效审计的内容，也没有完善的绩效审计标准，更没有完整的案例可供借鉴。
（二）建立高校预算绩效审计标准难
绩效审计标准是评价审计对象效益状况的判断尺度，是提出审计意见、作出审计结论的客观依据。目前，无论是从计划、实施、报告还是步骤、程序和方法都没有现成的规范和标准来约束，绩效审计的内容、组织方式和审计方法因人而异，因此绩效审计行为显得杂乱无序；事实上要制定这样的标准也比较困难，因为高校绩效审计与企业审计、固定资产投资审计等其他专业审计有着很大区别，高校的固有属性，决定了资金的使用主要是体现社会效益、宏观效益、长远效益，难以直接量化经济效益。因此，制定合理的绩效审计标准具有一定难度。标准的制定科学与否，无疑会影响绩效审计的质量和审计结论的可信度。甚至是同一项目，会有多种不同的衡量标准，采用不同的衡量标准，得出的结论会有很大差异。在不同的时间点上，也会得出不同的结果。衡量标准的难确定，给绩效审计人员客观公正地提出评价意见造成困难。
（三）控制审计风险难
绩效审计涉及面广，不同层次和领域重要性水平确定和审计风险评估并不相同，因此风险评价体系的确定也不同。另外，绩效审计专业性和综合性都较强，审计技术与方法更为复杂。在绩效审计数据收集、分析和确定结论过程中，预算执行审计的思维惯性，从现象推断本质、用部分推断总体等的实现，也都存在不成熟观点导致做出错误结论的可能。当前高校审计人员的配置仍存在知识结构单一、专业技能差距大的非均衡特点，这种状况已成为制约高校绩效审计发展的关键因素，将不利于对效益进行全面、客观、公正的分析评价，也会不同程度地增加绩效审计的评价风险。
（四）遗留问题测算指标难
高校购置资产普遍缺乏统一计划，重复购置现象严重；对事业发展需求预测不准，盲目购置价格昂贵的仪器设备，导致设备利用率低下，长期闲置，最终损坏、报废；基本建设及修缮工程缺乏长远规划，设计不合理；校办产业可行性论证与研究不够，经营管理不善，投资无法收回，负债过多。经常性经费、专项经费使用不规范，处理不好消耗与积累的关系，盲目贷款，利息支出数额过大，导致财政困难。这些问题存在，必然对推行预算执行绩效审计造成影响。