二是授课有官课和师课之分。官课为书院必须接受的地方行政长官的讲课;师课则是指本院或外聘的学者讲的课。官课经费由官方解决，师课经费由书院在办院公款中开支。但不管是“官课”还是“师课”，在教学方法上都是以“自学为主，导师指导为辅”，而且学风相对自由，除了教书育人之外，也提倡学术研究。书院一般还有一定数量的藏书，便于学子读书提高。
三是有的书院实行封闭式教学，俗称“住斋”。除法定假日和婚丧等大事可请假外出外，一般不得随意离开书院。但对“住斋”者，书院给予三种津贴：其一曰“膏火费”，为基本生活补助，相当于现在的“助学金”;其二曰“笔资费”，是学习用品费，有点像现在的“书报费”，但范围要更广一些;其三曰“奖银”，即今天的“奖学金”，太仓也俗称“花红”，但此项津贴与考试成绩挂钩，不一定拿得到。四是考试比较多，让学生努力争取得到“花红”。与“师课”配套，“师考”为任课教师命题和评卷，一般考一文一诗，瞄准科举考试，按诗赋、策论、经解等内容轮流命题。“院考”也称“总考”，虽然大多也是考一文一诗，但题目难度更高，要求也更严。规定“秉烛”之前必须完卷，晚交的卷子上会被作出记号，并适当扣除该生的“膏火费”。故那时考生交卷都比较准时。
相应于“师课”，“官课”也要进行“官考”，一般每月初十进行，也考一文一诗。在考前一天，书院要派人前往官府“请题”，密封后带回，集中考完后又交回官府评卷。评定后张榜公布成绩，再按不同等级发放“膏火费”。考试成绩的分等，“官考”由官府统一规定外，“师考”成绩的分等，书院间会略有不同。比如娄东书院将考试成绩分为超等、特等、乙等三种，超等给“花红”0.2两，特等给0.1两，乙等无。有的书院分为甲、乙、丙、丁四等;也有的书院按名额确定，如前3名为超等，第4名到第10名为特等之类。亦有“花红”实行总额包干的。如安道书院“官考”每期“花红”给前10名，额定总数为四十千八十文; “师考”的“花红”给前4名，额定总数为二十千四十文。有的书院还规定对于学业“毫无进益”者要罚没一定数量的“膏火银”。一般书院每月举行三四次考试，“官考”1~2次，“师考”也是1~2次。“院考”则不定时，“院考”实际有点像现在的学科竞赛性质，奖给的“花红”也多一些。