（一）必须明确医院发展目标，制订中长期发展规划
预算管理是在医院发展目标和中长期规划的指导下，将年度计划和业务指标进行量化分解，据以执行、考核的管理方法，在没有明确的发展目标和规划下去执行预算管理，其效果如何是可想而知的。因此医院应当在对内外部医疗市场环境进行充分的调查分析后，确定医院发展目标，这些目标包括业务发展、研究发展、医院形象等。明确医院发展目标后，医院应当制订切实可行的医院中长期发展规划（通常是三年、五年规划），通过中长期规划来逐步实现医院的发展目标。
（二）要有完善高效的预算管理组织体系
医院开展全面预算管理工作离不开制度保障，而全面预算管理的实施更需要一套完整的、高效的自上而下的组织架构。预算工作组织通常由预算管理委员会、预算执行与控制部门和各责任中心构成。医院成立预算管理委员会，统一组织、管理、协调全面预算工作。预算管理委员会对院长负责。由于全面预算管理是以财务预算为核心，因此预算管理委员会办公室设在财务部（科），负责预算管理的具体事宜。医院各相关职能部门对预算实行归口管理，各责任中心负责预算的实施。组织体系是否健全、在医院管理中是否具有实质性作用对医院全面预算管理能否成功具有高度的相关性。
（三）应当建立一套完整的预算制度
为保证全面预算管理工作的顺利实施，医院在广泛听取院内各部门意见和调研的基础上，结合实际制订了《全面预算管理制度》及相关细则，将其作为指导医院全面预算管理工作的纲领性文件。在制度中详细规定了全面预算管理的基本任务、基本原则、组织体系、编制流程与方法、预算内容与编制依据、预算的执行与控制、预算的调整、预算执行的分析考核和激励等方面的内容，从而使全面预算管理工作有章可循。
（四）编制预算要保证较高的准确性
预算的准确性（相对准确）是预算管理中的关键问题。预算在管理中的主要职能有四个方面：优化资源配置、协调整体行动、控制医院经营、考核部门业绩，准确的预算为完成这些任务提供了参照尺度，一旦丧失准确性，上述职能的发挥都将受到极大的限制。出现偏差的原因主要有市场因素的不确定性、管理者的素质、预算组织和方法、激励方案等。
提高预算准确性应从多方面入手：
1．要保证业务预算编制的准确性。
业务预算是反映预算年度内医院可能形成现金收付（现行医院会计核算制度没有现金流量的概念，可参照企业会计制度中的规定）的经营活动的预算，一般包括收入预算、支出预算、材料采购预算、人工预算、期间费用预算等，业务预算是全面预算管理的起点和基石，其准确性直接关系预算管理的效果，因此编制较为准确的业务预算必须对医院进行充分调查，了解医院内外的相关信息，把握市场动态和内部技术进步等因素，与有关部门密切协作，编制出既符合实际又易于实行的业务预算。
2．加强预算管理分析。
要根据年度预算计划，分解编制月度预算，建立月度分析制度，定期召开预算执行情况讨论会，总结预算执行过程出现的问题，对偏差的预算进行修正。对预算修正的动因主要是由于市场环境、经营条件、政策法规等发生重大变化，从而使预算编制的基础不成立或者将导致预算执行结果产生重大偏差。预算修正应当经过必要的批准程序，对年度预算的修正次数不宜过多，否则预算就会失去管理意义。
（五）预算管理要以现金流管理为核心
现金流是企业的“血液”，一旦现金流出现问题，企业立刻就会陷入经营困境，严重的甚至会倒闭和清算，相关的实例并不少见。医院方方面面的经济活动如设备物资药品的采购、职工报酬的发放、后勤服务支持等都离不开现金，因此现金流同样也是医院的“血液”，现金流管理对医院预算管理来说是至关重要的。
现金流管理不是简单的让院长在每张报销单据上签字，然后医院财务部门再报销支付现金。现金流管理的内容包括现金预算管理、现金的流入与流出的管理、现金使用效率管理和现金结算管理等，比日常现金管理的范围要大。现金预算是按照现金流量表（未编报现金流量表的医院应当参照企业会计规定增加本表）主要项目内容编制的反映预算期内一切现金收支结果的预算，要根据经营性活动净现金流量的要求并以业务预算、资本预算和筹资预算为基础，来组织有关现金收支的.汇总。各预算责任单位应当强化现金流量的预算管理，按时组织预算资金的收入，严格控制预算资金的支付，特别是经营性活动现金流入和流出，调节资金收支平衡，切实防范和有效化解财务风险。
（六）严格控制资本预算
资本预算是在预算年度内进行资本性投资活动的预算，主要包括固定资产投资预算、权益性资本投资预算和金融投资预算，医院通常是指固定资产投资预算。资本性投资的特点是投资额大、项目建设期长、占压资金多、资金使用成本高、回报不确定性大，常因建设资金不足而挤占医院正常的经营流动资金，为医院日常运营埋下隐患。
预算时应当遵循的基本原则是投资项目必须符合医院发展战略和中长期规划的需要，必须进行全面的科学论证，并根据自身实力量入为出，对投资项目不得留有资金缺口。预算年度内资本性项目借款的还贷额，应当作为资本支出纳入预算；预算年度内的固定资产折旧应当作为固定资产投资来源纳入预算。固定资产投资预算应当根据有关投资决策资料和年度固定资产投资计划编制。
（七）预算的考核与激励
对预算执行效果进行评价是全面预算管理的重要环节，这其中涉及到的利益关系直接影响到预算管理的效果，因此设计一套科学的考核方法与激励措施对构建一个科学有效的预算管理体系来讲至关重要。
1．考核指标的选择
由于全面预算管理的内容较多，难以全面考核，考核指标过多容易使考核效率低下，因此应当选择有代表性的指标来考核预算执行效果，应同时兼顾财务指标和非财务指标，财务指标主要有业务收入完成情况、利润完成情况、药品收入比例、资产负债率、收入利润率等，非财务指标有门诊人次增长率、住院病人增长率、床位周转率、平均住院天数、门诊平均收费水平、出院病人平均医药费等。
2．激励机制
全面预算管理要依据预算考核结果建立相应的预算激励制度，明确的预算激励机制可以有效的发挥预算执行者的积极性激励他们努力工作，提高工作效率，全面完成预算指标。如果激励制度不完善，往往会使预算指标丧失约束作用，甚至会使整个预算工作失去应有的功效。当然，医院在制订激励制度时，应当在国家有关薪酬规定的框架内结合自身实际情况进行。
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