转变学习方式，让学生在学习中获得个性解放，是我国当前基础教育课程改革的核心理念之一。该理念试图解决的问题是我国基础教育中学生学习的全面异化。为此，在基于新的学习哲学重建各学科领域的同时，还新设综合实践活动课程。在综合实践活动中，“研究性学习”第一次成为一种课程。理解“研究性学习”的课程意蕴，是有效开展综合实践活动并恰当处理它与学科课程之关系的前提。
一、作为一种学习方式的“研究性学习”与作为一种课程的“研究性学习”有无区别？
“研究性学习”首先是一种学习方式。然而在我国的《九年义务教育课程计划（实验稿）》和《普通高中课程方案（实验）》中，它又作为“综合实践活动”的有机构成而相对独立地存在于整个课程体系之中。我们认为，要理解“研究性学习”课程与学科课程的关系，进而理解新课程的基本结构，必须承认“研究性学习”方式与“研究性学习”课程的区别。
作为一种学习方式，“研究性学习”是指教师或其他成人不把现成结论告诉学生，而是学生自己在教师指导下自主或合作地发现问题、探究问题、获得结论的过程。与“研究性学习”相对应的范畴是“接受性学习”。“接受性学习”是指不经历研究结论在历史上的发现过程或当前的再发现过程，把结论直接告诉学生并由学生“内化”或接受的学习。“研究性学习”可能是有意义的（即与学习者的经验建立起了有机的联系），但也可能是机械的（即未与学习者的经验建立起有机的联系）；“接受性学习”可能是机械的，但也可能是有意义的。认识到这一点，是20世纪认知心理学的一个重要成就。[1] 由此观之，“研究性学习”与“接受性学习”本身并没有好坏、优劣之分，关键要看它服务于什么样的教育价值观。
就人的个性发展而言，“研究性学习”与“接受性学习”这两种学习方式都是必要的，在人的具体活动中，二者常常相辅相成、相反相成、结伴而行。之所以在我国新的基础教育课程体系中强调“研究性学习”，并不是因为“接受性学习”不好，而是因为我们过去过多倚重了“接受性学习”、把“接受性学习”置于中心，而“研究性学习”则被完全忽略或退居边缘。究其根源是把学生仅作为“客体”来塑造的教育价值观和知识技能取向的课程目标观所导致的结果。强调“研究性学习”的重要性是想找回“研究性学习”在课程中的应有位置，而非贬低“接受性学习”的价值。这在根本上要求转变教育价值观，把学生真正视为学习的主体，关注知识技能的建构性和情境意义。作为一种学习方式，“研究性学习”是渗透于学生的所有学科、所有活动之中的。
作为一种课程，“研究性学习”课程是为“研究性学习”方式的充分展开所提供的相对独立的、有计划的学习机会，具体地说，是在课程计划中规定一定的课时数，以更有利于学生从事“在教师指导下，从学习生活和社会生活中选择和确定研究专题，主动地获取知识、应用知识、解决问题的学习活动。”[2] 所以，“研究性学习”课程是指向于“研究性学习”方式的定向型课程。
二、既然在新课程中各学科领域均强调学生的“探究”、“发现”、“研究”，为什么还要设置相对独立的“研究性学习”课程？
强调学习方式的转变是本次课程改革的重点。这里的“学习方式”不是浅层次的、技术学意义上的学习方法、学习规则等，而是内在于每一个人心灵深处的对待学习行为的独特风格（style），是人的个性在学习行为中的表现。传统课程体系片面强调“接受性学习”的重要性，这在本质上是强调一种“维持性思维方式”、“奴性化的处世态度”和“顺从型人格”，这与素质教育的要求背道而驰。本次课程改革确立了一种新的学习观：学习方式是人的个性的独特表现，每一个人都有自己独特的学习方式，课程应尊重每一个人的学习方式的独特性。因此，每一门学科都强调为学生的“探究”、“发现”、“研究”创造空间。与此同时，还设置相对独立的“研究性学习”课程，为每一个人完善学习风格、发展健全人格创造充分条件。
相对独立的“研究性学习”课程与学科中的“研究性学习”有下列区别：第一，学科中的“研究性学习”具有学科性，往往局限于一门学科的视阈；相对独立的“研究性学习”课程则属于经验课程的范畴，它基于学生的直接经验，面向学生的自身生活和火热的社会生活实践，强调操作与体验，强调综合运用学生的所有知识。第二，学科中的“研究性学习”是在掌握系统学科知识中进行的，往往具有手段的、辅助的性质；相对独立的“研究性学习”课程则把“研究性学习”本身视为直接目的，它强调学生需要的优先性，强调对学生独特经验的尊重，强调学生从自己的立场与世界交互作用从而建构出自己的意义。
所以，“研究性学习”课程≠做高难度习题≠“奥林匹克竞赛”辅导课≠一门学科内容的加深。
学科中的“研究性学习”与相对独立的“研究性学习”课程也有内在联系：二者都强调“研究性学习”这种学习方式；二者的终极目的都指向于学生的个性发展，尽管直接目的有别。相对独立的“研究性学习”课程是学科中的“研究性学习”的归纳、整合、开拓、提升，学科中的“研究性学习”则可基于特定学科而细化、深化生活中的.主题。
三、“研究性学习”课程乃至整个“综合实践活动”课程与学科课程是“两张皮”吗？
我国正在实验的新课程的基本结构是学科课程与综合实践活动课程（活动课程、经验课程）的有机统一。怎样处理作为综合实践活动课程之有机构成的“研究性学习”课程与学科课程的关系，是摆在广大教育实践工作者面前的紧要课题。这需要首先在理论上明确“研究性学习”课程与学科课程的区别与联系。
“研究性学习”课程与学科课程存在本质区别：学科课程是基于学生的经验与学科逻辑的关系而开发的，它所探究的基本问题是学科问题，或基于特定学科的视野而探究现实问题；“研究性学习”课程则基于学生的经验与活生生的现实世界（生活世界）的关系而开发，它以获取关于探究学习的直接经验、发展创新精神和解决问题的能力为直接目的，它超越任何学科逻辑的限制，它要求学生整体地运用在学校、家庭和社区中获得的所有知识以解决他自己的问题。
“研究性学习”课程与各门学科课程也存在内在联系：“研究性学习”这种学习方式不仅运用于“研究性学习”课程中，也运用于各学科课程中；“研究性学习”课程中所获得的直接经验与学科课程中所获得的体现于学科中的间接经验，二者是交互作用、相辅相成、相反相成的；“研究性学习”课程所探究的现实问题与学科课程中的学科问题也有着千丝万缕的联系。
在实践中，处理“研究性学习”课程与学科课程的关系可从三方面入手：第一，各学科领域的知识可以在“研究性学习”课程中延伸、综合、重组与提升；第二，“研究性学习”课程中所发现的问题、所获得的知识技能可以在各学科领域的教学中拓展和加深；第三，在某些情况下，“研究性学习”课程也可和某些学科教学打通进行。总之，实践中要杜绝“两张皮”现象。