然而古希腊的科学理想，却并未因为实验科学的产生和发展而整体上消逝。自此而往，科学作为一种人文理想，始终处于西方文化两大渊源的交互影响之下。亚里士多德关于求知的确切理性基础，关于“欧几里德支点”的信念，公理化体系中蕴涵的简单性原则（以最少前提建构理论），以及柏拉图和多数希腊哲学家关于几何形式和谐完美的理想，这些理念的生命非常悠久，可以说直抵今日。不仅希腊和希腊化时代，而且中世纪和文艺复兴时代的科学理论，也大抵（并非仅仅）是此种科学理想的产物。只是不同理论在构成时，对这种理念的理解和诠释不同。哥白尼正是深感托罗密体系在数学上不和谐，才着手对之改造，而他也正是受着圆形这个完美几何形式的限制而未能建立椭圆形天体轨道模型。开普勒的行星运动定律揭示出宇宙在数方面的和谐比率：行星矢径在相等相间扫过相等面积、行星公转周期的平方正比于与太阳距离的立方、行星远日点和近日点之间角速度的变化用乐谱形式标出。牛顿正是继承此种思路，从行星运动定律中导出具有数的和谐的万有引力定律。现代科学理论，如电磁场结构理论，爱因斯坦的广义相对论引力场方程乃至未成功的统一场论，巴尔末公式，量子力学矩阵方程，分子生物学大分子立体结构理论等，皆与上述人文理想或本体论理念有关。科学家往往认为，数学上美的形式在描述世界方面有价值。迪拉克正是在对称和谐的美学理想推动下，预设反粒子的必然存在。
不仅科学本身原是一种人文理想，而且科学理论的建构，亦必以基本的形上学前设（如自然规律性、齐一性等）为必要条件。此外，科学理论的建构，往往以美学理想或本体论理念为出发点或启发动力。再者，科学共同体所遵守的规范体现某些伦理价值，以及诸如此类，也是科学中的人文理想，此处不遑多论。人文价值对于科学理论的关系，有二特点：既开拓又限制理论的视野，既可有益又可有害；常以潜前提或背景知识的形式影响理论，鲜有作为公理或辅助假说而纳入公理体系者。
价值与事实
将科学中的价值原则与事实原则分开，并且力图将价值原则排除出科学之外而否认之，此事发生颇晚。早期的自然哲学或科学，并不排除价值。柏拉图的知识论，以理念为基础，而最高理念则是善的理念。求知与求善相统一。亚里士多德以科学为探求世界必然真理的公理体系，而求知本身便是最高幸福。中世纪的科学家为修道士。文艺复兴时代的科学家，既援引希腊的人文理念，又是虔诚的教徒。十六七世纪的科学家如笛卡尔，其体系多援引教义。大概十八世纪是将价值原则与事实原则分开的决定性时代。然而始作俑者，似是十三世纪的阿奎那。在《神学大全》中，他详细论证自然知识靠理性之光，不靠启示，也就赋予科学求知以独立于价值的性质。十三四世纪的经验论者和唯名论者也多有类似的见解。经验论的传统在英国不绝如缕。十八世纪的休谟乃起而在逻辑上证明价值陈述不可能从事实陈述中推导出来。康德将科学与伦理、文艺、宗教分开。十九世纪以来，价值与事实的分离，受到两方面的推动。非理性论者如尼采，强调这种分离，而实证论者也多重视这种分离。直至逻辑经验论派，则认为形上学陈述没有意义，价值只是主观情感或态度，科学为价值中立的知识体系。石里克认为，伦理学也是科学，伦理学家的最大危险便是成为道德家。0訋0g?/p>
六十年代以来，科学中价值原则与事实原则的分离，已受到所谓历史主义，乃至所谓后现代思潮的彻底批判，至于达到矫枉过正的程度。不久前，一位著名科学哲学家在普林斯顿演讲，听众中有人提问：你的口气彷佛说科学和理性及实在有关？目前在西方的一般意见，大抵认为科学陈述为工具性，也就是对科学中的事实原则十分怀疑。此与实用主义传统有关。皮尔斯主张，真理的界定最终是协议的产物。杜威则称，一切知识皆为工具性。此外，与后现代思潮有关。R.罗蒂称：“科学根本不是人类理性的典范，而是‘人们协议’的典范。”(R. Rorty, Objectivity, Relativism and Truth, Philosophical Papers, vol. I, Cambridge, 1991, p. 39.) 费耶阿本宣称，科学真理只是修词，并无客观内容。以及诸如此类。
实际情况是否如此？科学理论构成中，确实有价值因素，科学有隐含的或自觉的价值原则，已如上述。科学的所谓观察语言，并非中立。观察术语由理论定义。例如按照所谓标准方法论，气体分子运动理论的一个公设是：(x)(Gx Qx) ，读为“凡气体皆为分子组成”。其中观察术语G被该理论的语义规则定义为“一个气体标本的属性”，这样，对应规则语句中的观察术语也就不是独立于理论的中立语言了。然而尽管如此，成功的科学理论，总是与日常语言中的实在有着操作性的对应关系。这种操作，在不同社会，不同文化语境中，可以同样实现。一个科学实验，不论其程序设计、仪器制造、观察条件受到如何的理论影响，也不论其结果中包涵如何的理论诠释，然而同一实验既然可以在不同的社会条件下重复，也就说明该实验不是一个社会学的过程。理论“渗透”观察，也不必然影响观察的有效。著名的实例是太阳中子接收实验。这里，“弱互作用理论”既是设计接收器的观察理论，又是待验证理论。按照“循环验证”的假设，实验结果应与理论的预测一致。然而实验结果却并不一致。一个科学理论往往是一个复杂的公理系统。一个实验不可能验证全系统，而是验证其未知部分。只要观察理论没有影响这未知部分，便不会影响实验的有效。
价值原则与事实原则是科学的两大原则，不可偏废。价值原则体现于本体论或基本前提。事实原则虽然也是一种价值理想，却贯彻于理论和观察的全过程。无论解释理论、观察理论或观察操作，皆必贯彻事实原则，科学方能与日常语言中的实在发生可操作的对应关系。勿论问题的提出、理论的建构、逻辑的推导中涵有如何的价值因素，也勿论观察与证据中涵有如何的诠释成份，在理性批评精神和事实原则的引导下，科学家总有可能在一定时空条件下诉诸最可信的理由和证据，在理论和经验的不断扩展中发现和纠正错误，对发展中被人理解的实在之结构获得越来越深刻的认识。