我们在上面指出，明证是科学的最终根据，但事实上只有对于“一组相对来说极其有限的原始事态”（Hua XVIII： 31），我们才具有明证。其他为数众多的真理我们只有通过论证才能发现。也就是说，我们从某些已掌握的知识出发，然后通过特定的程序，来达致未被发现的真理。“有无限众多的真理，没有此类方法上的程序，就永不可能转化为知识。”（Hua XVIII： 32） 所以，论证程序对于科学来说是非常重要的。
胡塞尔将科学知识规定为“出于根据的知识”（Erkenntnis aus dem Grunde），换句话说，对某东西具有科学知识，就是知道它的根据。胡塞尔说：“认识到某东西的根据，即意谓洞察到它的状态的必然性。”（Hua XVIII： 233） 某事态的根据就是它的充分条件，如果A是B的充分条件，那么只要有A，就必然也有B。需要注意的是，胡塞尔区分了“根据”与“前提”，他说：“所有根据都是前提，但不是所有前提都是根据。”（Hua XVIII： 235）。两者的分别似乎在于，前提与结论只有“实质涵蕴”（material implication） 之关系，而根据与出于根据的东西则还具有因果关系。传统上一般以“法则”（Gesetzt） 概念来表达这种必然性。所以胡塞尔认为，认识到某事态的根据，即相当于洞察到它是“法则性的”（gesetzmig） （Hua XVIII： 233）。说B是法则性的，就是说它的出现有其根据，有其必然性。在此情况下，关于它的真理就是必然的真理。
胡塞尔认为真理有两种，一种是个别真理 （individuelle Wahrheit），另一种是一般真理 （generelle Wahrheit） （Hua XVIII： 234）。个别真理关于“个别个体的现实实存”，对之作“出于根据的说明”（Erklrung aus Gründen）——也就是科学说明——就是显示它在特定先决情况下的必然性。一般真理不涉及现实存在，对于一般真理要诉诸“一般法则”（generelle Gesetzte），并通过“演绎的过程”来论证。这样的论证过程最后必然会推演到“不可再被理证的法则”（nicht mehr begründbare Gesetzte），即本身不能再从更一般的法则演绎出来的法则。这种法则胡塞尔叫作“基本法则”（Grundgesetze） （Hua XVIII： 234）。一个系统上完满的理论，它的统一性就是由基本法则和从它们演绎出来的一般法则所组成的法则集会之统一性。以现在的术语来说，胡塞尔所谓“系统上完满的理论”，就是一个公理系统 （axiomatic system），基本法则就是其公理 （axioms），它的最早典范无疑就是欧基里德的几何学系统。David Woodruff Smith， Husserl， London： Routledge， 2007， pp.4849.
如上所言，胡塞尔将科学规定为“出于根据的认识”。换句话说，科学是由说明或论证所构成的。胡塞尔认为一切说明都要诉诸理论，而理论的核心就是它的基本法则。基于其说明之功能，胡塞尔又将之称为“说明原则”（Eklrungsprinzipien） （Hua XVIII： 236）。如果一个理论的所有说明原则具有统一性，那么这个理论就具有统一性。如果一门科学是完全由这样的理论所规定的，那么这门科学就具有本质上的统一性。胡塞尔提到这样的科学的几个不同的名称，包括：抽象科学（他认为不太合适）、理论科学（不是在一般跟实践科学和规范科学相对的意义下，而是在其理论具有统一性的意义下）、法理科学 （nomologische Wissenschaften） （因为统一它的就是基本法则）、说明的科学 （erklrende Wissenschaften） （Hua XVIII： 236）。
胡塞尔突出真理的理念性，以及强调“理念的抽象”在科学中的作用，似乎与一般人对科学的印象很不一样，难免让人以为他纯粹是纸上谈兵。但其实自然科学家本身在反思科学方法时，也同样会用到“本质”和“抽象”这些概念。例如，牛津大学的化学教授厄金斯 （Peter Atkins） 在他的科普作品《伽利略的手指》（Galileos Finger）中 ，对科学方法的说明就跟胡塞尔的很类似。厄金斯说：
我们已经开始看到，科学透过抱持越来越大的抽象来阐明。现在的脉络也如是。当我们把钢铁抽掉而剩下蒸汽机之抽象，我们就获得所有变化来源的表象。也就是说，要是我们直观 （look at） 一个蒸汽机的本质，它抽象的热，以及忽略它实现 （realization） 的细节……我们就找到一个覆盖所有事态范围的概念。科学就是这样的：科学从现实中过滤出它的本质，它的宏大理念 （ideas），然后在自然的其他地方找出相同的幽灵 （phantom spirit）。Peter Atkins， Galileos Finger， Oxford： Oxford University Press， 2003， p.110.
胡塞尔将逻辑学视为“科学论”（Wissenschaftslehre）。我们在上面已经指出，胡塞尔认为，论证连结的统一性构成了科学的本质。胡塞尔进而指出，论证具有三个特点，这些特点使得作为科学论的逻辑学成为可能：
第一，论证具有“固定架构 （feste Gefüge） 之特征”（Hua XVIII： 32）。这似乎是指，在所有具体论证中，论据（已知的东西）和结论（要被论证的东西）之间都具有某种固定的、不能随意更动的关系或结构。不是所有已知的东西都可以拿来论证其他东西，而论证过程也有一定的步骤，这些步骤不是可以任意改变的。
第二，在不同的具体论证之间，具有“某种共同性” （etwas Gemeinsames） （Hua XVIII： 33）。具体的论证在内容上可以千变万化，无穷无尽。但如果我们撇开内容上的不同，却可以发现，很多不同的具体论证都具有相同的“论证形式” （Begründungsformen），而具体论证的数量可以是无限的，但论证形式的数量却是有限的。这些数量有限的论证形式是具有法则性的，也就是说，如果一个论证具有这样的论证形式，只要它的前提是正确的，那么它的结论也必然是正确的，无论这个论证的内容是什么。
第三，论证形式的有效性是跨越不同科学的，也就是说，有限数量的论证形式具有普遍有效性，无论在什么科学中都是有效的，这些论证形式“与一个具体规限的知识领域没有任何本质的关系” （Hua XVIII： 34）。
基于论证所具有的以上特点，就有可能存在一门科学论。按照胡塞尔的想法，这个学科所探讨的并不是现实上被称为“科学”的知识是什么，它所研究的是“科学之理念”（die Idee der Wissenschaft），他说：