他本是个绝对和平主义者，但面对战争的危险，他说：“为了保卫公理和人民的尊严而不得不战斗的时候，我们决不逃避战争。”
正是在这种转变下，1939年8月，因忧虑纳粹德国率先研制成原子弹，爱因斯坦在给美国总统罗斯福的信上签了名，指出：“……有可能制造出一种威力极大的新型炸弹，能轻易地把整个港口连同附近地区一起炸毁，我的义务是提请您注意下列事实和建议……”
这封信开始了美国著名的“曼哈顿工程”。6年后，日本广岛和长崎受到原子弹轰炸，死伤20万平民。当爱因斯坦从广播中听到这条消息时，惊呆了。他只说了一句：“我真痛心。”
馀下的生命中，他不时地会回想起这一时期，并深深地悔恨。有一次，在普林斯顿的办公室里，说起这件事时，爱因斯坦迅速地转过脸去，将目光投向远处的山谷和树林，然后，似乎在对他所注视的树梢说话，他低声地、若有所思地、一字一顿地说：“是的，我按的按钮……”
但事实上，在德国投降之后，爱因斯坦便立即给罗斯福去了第二封信，建议：鉴于美国制造原子弹的理由已不存在，应停止制造和使用这种武器。不幸的是，罗斯福收到这封信时已经病危，还没来得及看，便去世了。
“宪法的力量完全在于每个公民捍卫它的决心”
爱因斯坦馀生的大部分精力都用来纠正他所犯的这个“最痛心的错误”。
1947年，他在联合国大会上说道：“今后若干年内，自然科学家的态度将决定人类文明的命运。人类终于懂得，当前的任务是什么，这就是寻求谅解，为的是实现各国人民间、不同信仰的各民族间的彻底谅解。”