婚变
1979年与陈彩鸾结婚。
林清玄应付台湾报纸激烈的竞争，生活忙碌，内心空虚，陈彩鸾却无法与他进行精神上的沟通。
在某一年的新年，陈彩鸾离家外出不知去向。林清玄和儿子只能以方便面充饥，自己的家如此凄凉，林清玄心灰意冷。
三个月之后，林清玄选择辞职上山，隐居起来，两年后林才重入红尘。就在林清玄以为自己看破七情六欲的时候，他遇见了方淳珍。
在一个雨天之后林清玄提出了离婚的要求，陈彩鸾对离婚也持赞成态度。和陈彩鸾离婚以后，林清玄很快和方淳珍办理了结婚手续。
1997年娶了年轻貌美的方淳珍。
关于他的谣言便满天飞。林清玄一直保持沉默，他希望用沉默来打动大众，得到大家的理解和祝福。但事与愿违，大众对他的抗议终于在他宣布新婚的时候达到了白热化，甚至有激进的妇女组织，在“林清玄教育文化基金会”门口焚烧他的书。有人在网上大骂他是“伪君子”，有人说他“说一套，做一套”。
事实上，陈彩鸾却和方淳珍私交很好。平时她们会相约喝茶、聊天，方淳珍还会为林和陈彩鸾已经长大的儿子买电影票，约女朋友。当事的三人，早已相逢一笑不谈过去，林清玄对方淳珍说：“在脆弱中坚强才是真正的强健和坚忍，时间才是评价一个作家作品好坏的最公正的法官。”
散文创作
林清玄的散文创作大体上可以划分为3个阶段，第1个阶段是在70年代他初登文坛的七八年间，散文集有《莲花开落》《冷月钟笛》等;第2个阶段是他从1980年结集《温一壶月光下酒》起，相继出版了《白雪少年》《鸳鸯香炉》《迷路的云》《金色印象》《玫瑰海岸》等;80年代后期迄今，是林清玄散文写作最辛苦和最多产量的第3阶段，在这个阶段里他以10本“菩提系列”震撼了文学界内外。林清玄也是大陆读者广为熟知和爱戴的畅销书作家。应广大读者要求，又以真诚之心，感性之笔，将多年来感悟的智慧精华，结晶于《玄想》、《清欢》、《林泉》三册书中。首次公开这些年来的写作心得，使人格外珍惜和感动。