【婚变】
1979年与陈彩銮结褵，育有一子。
1996年与陈彩銮离婚，1997年娶了年轻貌美的方淳珍，结婚三个月，即将临盆。此事当时在台湾引起轩然大波，妇女团体甚至当众焚书，有人在网络上大骂林是“伪君子”，以示抗议。网络论坛上有人质疑他一手写佛书，一手屡屡婚变的行为，并嘲讽他真正具体地实现了‘嘴念经手摸奶’(台语谚语，意思为形容一个人“道貌岸然”、“假正经”)的境界。只会用嘴巴讲道理自己却做不到，他在用自己的行为来验证果报。
林清玄解释说前妻有宗教妄想症，林甚至为自己辩解：“我认为人的一生要想真正成熟必须要到45岁以后，我把它称作身心灵的契合。所以完美的婚姻无非是两种途径：一是成熟了以后再找伴侣，这显然太迟了，二就是找到伴侣后一同成长，我就是选择了这一种……”。在婚变之后，林清玄在台湾人气大跌，近年来积极前往大陆开创新市场。
【走上写作之路】
对林清玄来说，走上写作之路，其实并非最初的愿望，最早，林清玄一直想当画家，甚至还跟著林崇汉画了一阵子。不过，走上写作的路，倒一丝也不后悔，写作要自由的多，更能清晰地描绘出自己的心路历程，以及所见、所思、所感。所以，林清玄自觉会一直写下去，或许依然在文学素描的散文上下功夫，或许就著手去写一些比较大部头的有关人性，有关历史，有关哲理的书，或许改变途径去写小说，不管未来会写什么，写作总是一条不能斩断的路，林清玄会一步步往下走去。
7岁开始背诵唐诗宋词，8岁，获得了全台湾儿童绘画赛优选，10岁就开始读小说，林清玄记得小时最喜欢的是《西游记》，喜欢里面的天马行空。
1972年，考取世界新专电影技术科，在学时非常活跃，开始认真写稿，而绘事则暂时抛开了。在世新的时候，创办过《电影学报》，担任《奔流杂志》编辑，在《新闻人》周报任总主笔。这段时候，在文坛渐露头角，开始受到了瞩目。