幕府游历
会昌五年(845年)十月，李商隐结束了守孝，重新回到秘书省。此时，武宗与宰相李德裕富有效率的合作关系已经到了晚期。次年三月，武宗去世，传言他是由于长期服用道士进献的长生药而中毒身亡。经过一系列的宫廷斗争，宣宗李忱即位，他反对武宗的大部分政策，尤其厌恶李德裕。因此，几乎整个会昌六年(846年)，都持续新一轮政治清洗，曾经权倾一时的宰相李德裕及其支持者迅速被排挤出权力中心。在宣宗本人的支持下，以白敏中为首的牛党新势力逐渐占据了政府中的重要位置。
这一年，李商隐在秘书省任正字。35岁的李商隐终于有了儿子(李衮师)，他的堂弟李羲叟也在这一年中了进士，这两个好消息大概只能让他兴奋一时。由于支持李德裕的政治纲领以及之前就被令狐绹等人视为背叛，他不大可能分享牛党的胜利。尽管他的职位几乎低得不值得在权力斗争中被排挤，但仍然可以想象他的郁闷心情。因此，当大中元年(847年)桂管观察使郑亚邀请他往赴桂林任职时，他几乎没有犹豫。[6] 从太和三年(829年)受聘于当时的天平军节度使令狐楚开始，李商隐多次进入地方官员的运作机构中担任幕僚的角色。事实上，他身为幕僚的经历比正式任职于朝廷的时间更长。不过，在宣宗大中元年(847年)之前，他似乎一直将这样的经历作为过渡。对于在政治上颇有抱负的李商隐来说，这种经验非常重要，既是他历练工作能力的过程，也是积累社会关系的途径。不过，毕竟只是为日后的大展宏图而进行的准备活动。从时间上看，以往每一次的工作经验几乎都在数月之内，变动频繁，而且一旦有了入朝为官的机会，就会立即辞去幕府的工作。而这一次，李商隐作为郑亚的幕僚前往桂林时，他也许还没有意识到自己的仕途已近末路。在之后的10年间，他将在幕府游历中逐渐耗尽所有的政治热情。
大中元年三月，李商隐告别家人，随郑亚出发，经过两个月左右的行程，来到距京城大约5000里以外的南方。郑亚的这次南迁，是牛党清洗计划的一部分。李商隐愿意主动跟从一位被贬斥的官员，表明他同情李德裕一党。另一方面，也显示对自己的升迁不再抱有信心了。在桂林不到一年，郑亚就再次被贬官为循州刺史，李商隐也随之失去了工作。大中二年秋，他回到京城长安。据说，他在潦倒之际，写信给故友令狐绹(他已经进入权力的核心)请求帮助，但遭到拒绝，结果只能通过自己考试得到一个盩厔县尉的小职位。具有讽刺意味的是：10年之前，他正好也是一个相当的职位(弘农县尉)。
李商隐担任盩厔尉时间不长，又被调回京城。此时，与大中元年他在秘书省的情形非常相似：低微的官职，渺茫的前途，落寞之余，期盼着出现变化。大中三年九月，李商隐得到武宁军节度使卢弘止的邀请，前往徐州任职。卢弘止是一位有能力的官员，对李商隐也非常欣赏。如果他的仕途顺利，李商隐可能还有最后一次机会。然而不巧的是，李商隐追随卢弘止仅仅一年多后，后者就于大中五年春天病故。这样，李商隐不得不再一次另谋生路。