1995年出版的长篇小说《丰乳肥臀》洋洋五十万言，曾因内容的尖锐而引起过轩然大波，很多老作家、老干部写文章批判、写信告密，并有高级干部主持会议研究……莫言获得“红河文学奖”十万元奖金后，各种冷嘲热讽接踵而至，各种批判挖苦嘲笑源源不绝。《丰乳肥臀》可以说是莫言最好的作品之一，也是新时期文学三十年的顶级作品。这部作品以高密东北乡为背景，描写了百年中国大陆沧桑变化史，彻底颠覆了官定历史叙事模式，与余华《活着》等作品一起构成了新时期文学的“新历史”叙事原则。小说中对土改、文革、经济热等都有极深的揭露和反思。小说中含辛茹苦、精神坚毅的母亲形象非常生动，有人把母亲形象跟马尔克斯名著《百年孤独》里的乌苏拉相提并论。小说的主人公上官金童和上官玉女是双胞胎，也是一个“杂种”。他有一个至老不断奶的恶癖，后来和“独乳”老金结婚，却变成了胸罩设计师和成功商人--这个人物形象具有浓重的现实和历史隐喻效果。
《丰乳肥臀》之后，莫言沉默了好多年，期间写了《红树林》等影视剧本，还创作了很多散文，入《会唱歌的墙》等，都是难得的精品。1999年开始，他连续在《收获》杂志上发表了四部中篇小说《三十年前的一次长跑比赛》《司令的女人》《野骡子》《师傅愈来愈幽默》，并重返文坛。
2001年出版的长篇小说《檀香刑》中，莫言把自己独特的“残酷语言”推到了极致，引起了读着的剧烈反响。这部小说虽然技艺高超，但进入了纯粹“历史语境”，并未跟日常生活、日常情感发生密切关系。
2003年出版长篇小说《四十一炮》，写管不住自己嘴巴的“大嘴”罗小通在五通神庙里对兰大和尚滔滔不绝地诉说他的童年往事。他的身体已经长得很大，但他的精神还没有长大。莫言写这个人物，他自己分析说：“拒绝长大的心理动机，源于对成人世界的恐惧，源于对衰老的恐惧，源于对死亡的恐惧，源于对时间流逝的恐惧。罗小通试图用喋喋不休的诉说来挽留逝去的少年时光。”