寻添差浙西安抚司干办公事，迁三省枢密院主管架阁文字，改除国子录，升武学博士，再迁太常寺主簿。时丁大全为相，粉饰太平，讳言边事，应麟不受其笼络，乃向理宗恳切面奏：两淮已有边患，四川也很危急，应当加紧整治边防，不要再为大臣壅弊之言所欺骗。大全甚是不悦，乃促使台谏弹劾应麟，遂遭罢官。不久大全去位，朝廷起应麟通判台州，旋召入为太常博士，累迁著作佐郎。
景定五年(1264年)冬，度宗即位，擢摄礼部郎官兼直学士院，又兼崇政殿说书，每因进讲多所开陈。迁著作郎，再迁秘书少监兼侍讲。除起居舍人兼权中书舍人，以忤权相贾似道遭免官。久之，起知徽州，抑豪强，省赋税，民心大悦。旋召为秘书监，兼国史馆编修及实录院检讨。迁起居郎兼权吏部侍郎，复直陈边境急急之状，又大为似道所忌，欲更斥逐之，而应麟适以母忧去职。及似道在沿江溃师，宋之国运亦将告终。时恭帝新即位，应麟造朝，为中书舍人，迁礼部侍郎，上疏陈十事，并条画备御十策，皆不见用。寻转礼部尚书兼给事中，以封驳左丞相留梦炎引用非人，再三上疏皆不报，乃辞官东归。嗣有诏迁翰林学士，亦力辞。宋亡后深自晦匿，不与世人相接，而东南学者皆以为宋三百年文献所寄，莫不翕然宗之。
入元后，王应麟“深自晦匿，不与世接”。对其隐居生活，有关史籍上的记载惜墨如金，语焉不详，以“后二十年卒”等一笔略过。明儒于是有其入元后是否为元人当过山长(书院院长类职务)之疑。清全祖望在《王先生画像记》中予以严辞驳斥。当今学者认为：“王应麟入元后，甘自晦匿，其生活形迹在当时即不为世人所熟悉。”
南宋重臣王应麟，他是一位深深怀恋故国的“南仕”。入元后，其文章大多只写甲子不写年号，以“浚仪遗民”署名就是例证。其心理上欲寻觅一处与其生身之地庆元府(今宁波)鄞县有某种联系之处栖身，以寄托其思恋故国的情愫。