天启七年丁卯八月，明熹宗朱由校驾崩，思宗朱由检即位，他被重新奉诏入朝任职。第二年(崇祯元年)七月应诏北上，出任礼部右侍郎，但三个月后，“会推阁臣，谦益虑尚书温体仁、侍郎周延儒并推，则名出己上，谋沮之。体仁追论谦益典试浙江取钱千秋关节事，予杖论赎。体仁复贿常熟人张汉儒讦谦益贪肆不法。谦益求救于司礼太监曹化淳，刑毙汉儒。体仁引疾去，谦益亦削籍归。”回到老家常熟的他，与一个名字叫程嘉燧的读书人关系素善，经常在一起喝酒吟诗。明史中是这样记载的：“程嘉燧，字孟阳，休宁人，侨居嘉定。工诗善画。与通州顾养谦善。友人劝诣之，乃渡江寓古寺，与酒人欢饮三日夜，赋《咏古》五章，不见养谦而返。崇祯中，常熟钱谦益以侍郎罢归，筑耦耕堂，邀嘉燧读书其中。阅十年返休宁，遂卒，年七十有九。谦益最重其诗，称曰松圆诗老。”
顺治初，因江阴黄毓祺起义案牵连，被逮入狱，次年获释。自是息影居家，筑绛云楼以藏书检校著述。诗文在当时颇负盛名，东南一带，奉为"文宗"。乾隆四十四年(1779年)，钱氏著述被列为"悖妄著书人诗文"，其已载入县志者均被删削。著作有《初学集》、《有学集》、《投笔集》、《开国群雄事略》、《列朝诗集》、《内典文藏》等。 1664年，钱谦益以八十三岁的高龄病殁于杭州，殁葬于虞山南麓。
藏书名家
钱氏早岁科名，交游满天下。年青时即喜古书善本，以藏书富而闻名江南。藏书家赵琦美卒后，其“脉望馆”所藏之书，以2万金全归于他。又购得刘凤“厞载阁”、钱允治“悬磬室”、杨仪“七桧山房”等知名藏书家的藏书，其中唐写本、宋元本、珍稀本有万余卷。又不惜重金，广收古书，书贾云集门前，所藏书可于皇室内府藏书相等，超过叶盛、吴宽、朱睦木挈 等家藏书。由是更不惜重赀购古本，以致"书贾奔赴捆载无虚日"。睢阳袁枢为明末北方著名收藏家，是历史上迄今为止收藏董源、巨然作品的集大成者，钱谦益曾盛赞其“睢阳袁伯应，以名臣(兵部尚书袁可立)子之牵丝郎署，负文武大略，博雅好古”(钱谦益《袁伯应南征吟小引》)。钱氏看重袁氏收藏，且诗文互有题赠。