清顺治二年乙酉，弘光元年(公元1645年)五月，清兵近逼南京。柳如是劝钱谦益殉国，钱谦益谢以不能。“乙酉五月之变，君劝宗伯死，宗伯谢不能。君奋身欲沉池水中，持之不得入……”
五月十五日，钱谦益不仅腆颜迎降而且连发也剃了。史敦《恸余杂记》记：“豫王(多铎)下江南，下令剃头，众皆汹汹。钱牧斋忽曰：‘头皮痒甚。’遽起。人犹谓其篦头也。须臾，刚髡(kūn，音昆，剃去头发)辫而入矣。” 而其时与钱谦益交好的河南巡抚越其杰和河南参政兵备道袁枢俱誓不仕清相继郁郁绝食而卒。
南明弘光政权亡。秋，钱北上充修明史副总裁。柳如是留居南京。“当谦益往北，柳氏与人通奸，子愤之，鸣官究惩。及归，怒骂其子，不容相见。谓国破君亡，士大夫尚不能全节，乃以不能守身责一女子耶?此言可谓平而恕矣”。
清顺治三年丙戌(公元1646年)六月，钱谦益称疾乞归，返回南京，携柳如是返常熟。清顺治四年丁亥，受淄川谢陛案牵累，钱谦益被逮锒铛北上，关入刑部大狱。柳如是扶病随行，上书陈情，誓愿代死或从死。
清顺治五年戌子四月，钱谦益因黄毓祺案被株连，羁囚南京狱。经柳如是全力奔走营救，请托斡旋，钱谦益才得以免祸。出狱后，被管制在苏州，寄寓拙政园。
清顺治六年已丑，从苏州返回常熟，移居红豆山庄。表面上息影居家，筑绛云楼以藏书检校著述，暗中与西南和东南海上反清复明势力联络。
在他去世那一年(康熙三年)的夏天，钱谦益卧病不起，而丧葬费用尚无着落，恰好盐台顾某来求文三篇，答应给润笔一千两白银。此时，钱谦益已无力为文只好求来访的黄梨洲(宗羲)代笔。黄梨洲略显推辞之色，无奈之下，钱谦益不得已才将黄反锁于书房之内，逼迫黄宗羲连夜写完了三篇文章，这才解决了丧葬费用。黄宗羲《南雷诗历》《八哀诗》(之五)写道：“四海宗盟五十年，心期末后与谁传。凭裀引烛烧残话，嘱笔完文抵债钱。红豆俄飘迷月路，美人欲绝指筝弦。乎生知己谁人是?能不为公一泫然。”