上皇已经回来，瓦剌请求朝贡。先前贡使不过百人，正统十三年增加到三千余人，对给予的赏赐总不满足，便入侵。瓦剌又派三千人来朝，于谦请求列兵居庸关以备不测，在京师隆重陈兵，设宴招待。因此说到和议很难依靠，逐条进上安定边境的三个策略。请求敕令大同、宣府、永平、山海、辽东各路总兵官增修墙准备防御。京兵分别隶属于五军营、神机营、三千营，虽然各设有总兵。但不相统一，请求选择精锐十五万人，分为十营团操，从此开始了团营的制度。这事记载在《明史·兵志》中。瓦剌入贡，常常携带以前掳去的人口来。于谦一定奏请酬劳使者，前后赎回了几百人。
当初，永乐年中，投降过来的人被安置在京畿附近的很多。也先入侵时，很多成了内应。于谦想分散遣送他们。因为西南有战事，每次出征，都挑选他们精锐的骑手，从厚资助他们前往，然后再遣送他们的妻子，内患得以平定。杨洪以独石入卫，八个城都给了敌人。于谦使都督孙安率轻骑兵出龙门关占据了它，招募百姓屯田，边战边守，八个城得以收复。贵州苗未平定，何文渊建议撤去布使、按察两司。专设都指挥使司，用大将镇守。于谦说：“不设两个司，是放弃了这地方。”建议遂作罢。于谦认为上皇虽然回来了，但国耻未洗雪，正值也先和脱脱不花结怨，请求趁机派大军，自己前往征讨他，以报复从前的仇恨，清除边患。皇帝不准。
于谦主持兵部工作时，也先的势力正在扩张，而福建邓茂七、浙江叶宗留、广东黄萧养各自拥有部众和自封的封号，湖广、贵州、广西、瑶、侗、苗、僚到处蜂起作乱，前后的军队征集调遣，都是于谦独自安排。当战事匆忙急迫，瞬息万变的时候，于谦眼睛看着手指数着，随口讲述奏章，全都能按照机宜采取正确的方针方法。同事和下属接受命令，彼此看着都感到惊骇佩服。号令严明。虽然是勋臣老将稍有不守法度，立即请圣旨切实责备。一张小字条送到万里外，没有不谨慎小心执行的。他才思的畅通敏捷，考虑的周到仔细，一时没有人能比得上。他性情淳朴忠厚过人，忘身忧国。上皇虽然回来了，一点也不说自己的功劳。东宫改易以后，景帝命令凡是兼东宫太子宫属者支取两份俸禄。诸臣都表示推辞，只有于谦一再推辞。自己的生活很简单俭朴，所居住的房子仅仅能够遮挡风雨。皇帝赐给他西华门的府第，推辞说：“国家多难，臣子怎么敢自己安居。”坚决推辞，皇帝不准。于是把皇帝前所赏赐的玺书、袍服、银锭之类，全部封好写上说明放到那里，每年去看一看罢了。