乌台诗案
后来苏轼被调任到徐州 (今江苏省铜山县)、湖州 (今浙江省吴兴县)。神宗元丰二年(公元1079年)时，在他移任湖州的第三个月的一天，苏轼遇到了生平第一祸事。当时有人(李定等人)故意把他的诗句扭曲，以讽刺新法为名大做文章。1079年(元丰二年)，苏轼到任湖州还不到三个月，就因为作诗讽刺新法，网织“文字毁谤君相”的网罗罪名，被捕入狱，史称“乌台诗案”。
苏轼坐牢103天，几次濒临被砍头的境地。幸亏北宋时期在太祖赵匡胤年间即定下不杀士大夫的国策，苏轼才算躲过一劫。案子轰动一时，除湖、杭州等地的百姓请和尚念经为他祈福，许多赏识他的官员都舍身挽救，最后只定 “讥讽政事”之罪。后受皇帝恩赐，判他流放黄州，免于一死。
流 放 黄 州
元丰三年(公元1080年)，苏轼被贬为黄州团练副使，初到黄州，衣食住行都成问题。后来自力更生，开荒种地。在平淡地生活中找到喜悦，并坚定要艰险、乐观地在人生坎坷的道路上前进。一年后，苏轼在东坡旁筑了一间书斋，命名其为「东坡雪堂」，从此自号“东坡居士”。长江边的小城黄州虽然是苏轼仕途的低谷，却成了他文学创作的圣地。苏轼在长江边吟出了响彻千古的如 <前赤壁赋>， <念奴娇 - 赤壁怀古>、<后赤壁赋>等，成为中国文学史上的丰碑。
元丰七年，神宗下令苏轼离开黄州，改授汝州 (今河南省汝南县) 团练副使。旅途中曾遇王安石，二人虽有不同政治见解，却谈得非常投机，王安石对他评价极高。
元佑更化
元丰七年，苏轼恢复名誉，被起用为登州 (今山东省蓬莱县)知事，不到十天，受朝廷之召出任礼部郎中。12月调回京都开封，任起居舍人。
元丰八年(公元1085年)三月，神宗崩逝，10岁的哲宗登基，逐次废除新法。新法派被排斥。昔日重臣重新掌政。史家称为「元佑更化」。
元佑元年(1086)，苏轼晋升为中书舍人、翰林学士、知制诰，同时兼任侍读。但此时的苏轼已对做官没有兴趣了。对王安石及新法的认识使他对新法有保留意见，保守派的人便说他是王安石的新法派了;新法派又不把他当作自己人，所以东坡便变成夹缝里的人物。
元佑四年，苏轼摆脱派阀之争，请调转任杭州知事。苏轼在知事任内修筑了西湖苏堤。
元佑六年又奉召出任翰林学士承旨，并兼任侍读，但遭排斥，不到几个月又被调任颖洲(今安徽省阜阳市)知事。离开朝廷，次年转任扬州(江苏省阳州市)知事。
元佑七年(公元1092年)九月，苏轼又被召回朝廷，出任兵部尚书，十一月晋升为礼部尚书，此即苏轼从政的最高职位。