自请出京
熙宁四年(1071年)苏轼上书谈论新法的弊病。王安石很愤怒，让御史谢景在皇帝跟前说苏轼的过失。苏轼于是请求出京任职：熙宁四年至熙宁七年(1074年)被派往杭州任通判、熙宁七年秋调往密州(山东诸城)任知州、熙宁十年(1077年)四月至元丰二年(1079年)三月在徐州任知州、元丰二年四月调往湖州任知州。革新除弊，因法便民，颇有政绩。
乌台诗案
元丰二年(1079年)，苏轼四十三岁，调任湖州知州。上任后，他即给皇上写了一封《湖州谢表》，这本是例行公事，但苏轼是诗人，笔端常带感情，即使官样文章，也忘不了加上点个人色彩，说自己“愚不适时，难以追陪新进”，“老不生事或能牧养小民”，这些话被新党抓了辫子，说他是“愚弄朝，妄自尊大”，说他“衔怨怀怒”，“指斥乘舆”，“包藏祸心”，讽刺政府，莽撞无礼，对皇帝不忠，如此大罪可谓死有余辜了。他们从苏轼的大量诗作中挑出他们认为隐含讥讽之意的句子，一时间，朝廷内一片倒苏之声。这年七月二十八日，苏轼上任才三个月，就被御史台的吏卒逮捕，解往京师，受牵连者达数十人。这就是北宋著名的“乌台诗案”(乌台，即御史台，因其上植柏树，终年栖息乌鸦，故称乌台)。
乌台诗案这一巨大打击成为他一生的转折点。新党们非要置苏轼于死地不可。救援活动也在朝野同时展开，不但与苏轼政见相同的许多元老纷纷上书，连一些变法派的有识之士也劝谏神宗不要杀苏轼。王安石当时退休金陵，也上书说：“安有圣世而杀才士乎?”在大家努力下，这场诗案就因王安石“一言而决”，苏轼得到从轻发落，贬为黄州(今湖北黄冈)团练副使，本州安置，受当地官员监视。苏轼坐牢103天，几次濒临被砍头的境地。幸亏北宋时期在太祖赵匡胤年间既定下不杀士大夫的国策，苏轼才算躲过一劫。
被贬黄州
出狱以后，苏轼被降职为黄州(今湖北黄冈市)团练副使(相当于现代民间的自卫队副队长)。这个职位相当低微，并无实权，而此时苏轼经此一役已变得心灰意冷，苏轼到任后，心情郁闷，曾多次到黄州城外的赤壁山游览，写下了《赤壁赋》、《后赤壁赋》和《念奴娇·赤壁怀古》等千古名作，以此来寄托他谪居时的思想感情。于公余便带领家人开垦城东的一块坡地，种田帮补生计。“东坡居士”的别号便是他在这时起的。