虽然《全唐诗》卷10至卷29是将《乐府诗集》中的唐诗挑选出来依次组合而成，但并非完全照搬，扬州诗局的馆臣们也还做了一些加工和整理工作。如在取舍异文时，也有少数文字是依后面诗人本集（或其他版本的诗人别集）而录，没有完全依照《乐府诗集》，也就是说两者所收诗歌也存在着少量异文。《全唐诗》对《乐府诗集》的改编，主要体现在以下几个方面。
第一，少数诗歌的编排次序不同。《全唐诗》卷10至卷29编排顺序总体上是依照《乐府诗集》而列，但也有少量调整。如表2所示，《全唐诗》卷16“郊庙樂章”的最后收录了《晋昭德成功舞歌》四首，而《乐府诗集》将它们放在卷52“舞曲歌辞”。这是宫廷舞歌，放在“郊庙乐章”也有其道理。《乐府诗集》卷56《舞曲歌辞五》在《霓裳辞十首》前有太宗《唐功成庆善乐舞辞》、德宗《唐中和乐舞辞》各一首；但在《全唐诗》卷22未收录，因为《全唐诗》卷1已经收录，故此处略去。可见，《全唐诗》前面的帝王等篇章的安排与乐府部分是有统筹考虑的。《乐府诗集》卷78《杂曲歌辞十八·步虚词》，如果《全唐诗》不改变《乐府诗集》的编排次序，则这些诗当放在卷26末尾或卷27开头部分；但《全唐诗》作为“杂歌谣辞”放到了乐府部分的最后，即卷29末尾。
第二，收录的诗歌在篇目取舍上存在着少量差异。主要有两种情况：
一是《乐府诗集》收录而《全唐诗》未收。《乐府诗集》卷38，李贺《安乐宫》前有陈子良《新城安乐宫》“春色照兰宫”，《全唐诗》卷20未收，但卷39收录。《乐府诗集》卷58在白居易《昭君怨》前有崔鸿《四皓歌》，《全唐诗》卷23未收。《乐府诗集》卷78，李白《高句丽》后接《舍利弗》和《摩多楼子》两诗，均未署名（目录作无名氏），《全唐诗》卷26未收，卷165收《舍利弗》为李白诗，未收《摩多楼子》（按，《李太白集》收为二者李白诗）；《乐府诗集》卷78，吴筠《步虚词》十首，《全唐诗》卷29未收，卷853吴筠集收录；《乐府诗集》卷87“杂歌谣辞五”最后一首《唐天宝中京兆谣》，《全唐诗》卷29未收，卷878收录。