1276年二月初九日，文天祥被押送去大都(今北京)，行至京口(今镇江)，在义士的帮助下，逃脱了虎口，据他在《指南录后序》所记，至少有十六次幸免于死，经过千辛万苦，于四月初八日逃到了温州，此时他听说度宗的两个儿子(即恭帝的两个兄弟)已逃到福州，于是立即上表劝进。不久，被诏至福州，任右丞相兼枢密院事，后又命为同都督。七月，文天祥便在南剑州(今福建南平)打起帅旗，号召四方英雄豪杰，各各起兵，民复失地。1277年三月，文天祥统兵进军江西，收复南部数十州县，同时围困赣州，湖南、湖北皆起而响应，震撼了江南，鼓舞了人民的反侵略意志，使元统治者大为惊慌。元忙调40万大军来解赣州之围，另派兵五万追 击文天祥。文部不过五千余人，这年八月，空坑一战，遂致大败，部将数人牺牲，文妻及子女皆被俘，赵时尝在紧急中假扮文天祥，吸引了元军，文才得乘间逃脱。赵随即被杀。这是文天祥在一年多时间内所遭到的第二次重大挫折。
但是文天祥并没有灰心丧气，他下定决心抗元到底。1278年11月，他收拾残军，加以扩充，移兵广东潮阳，不幸于十二月二十日兵败五坡岭，文天祥自度难以逃出重围，当即吞服随带的冰片，以求一死，免遭污辱，但他并未死，而在昏迷中被俘了。这是他遭遇的最后一次严重的挫折。从此以后，文天祥便再也不能统领义军在战场上与元军拼杀。
文天祥被俘后，打定主意，只求义死而不求苟生。威武不能屈，富贵不能淫。还在伯颜将他扣押北营时，他便明白地告诉对手：“宋状元……所欠一死报国耳，宋存与存，宋亡与亡，刀锯在前，鼎镬在后，非所惧也，何怖我?“1279年十月，元平章阿合马来文天祥囚所劝降，文天祥长揖就坐，不把他放在眼里，阿合马却要他下跪，文天祥说：”南朝宰相见北朝宰相，何跪?“阿合马以胜利者自居，傲慢地说：“你何以至此?”文天祥嘲讽地说，南朝若早用我为相，你去不了南方，我也不会到你这里来，你有什么可神气的阿合马用威胁口气对左右说：“此人生死尚由我。”文天祥正义凛然道：“亡国之人，要杀便杀，道甚由不由你。”阿合马自讨没趣，灰溜溜地走了。同年年底，元丞相孛罗审问文天祥。孛罗一来就摆威风，要文跪下，遭到文拒绝，左右便用武力强使文天祥作跪拜状，文凛然说道：“天下事，有兴有废，自古帝王以及将相，灭亡诛戮，何代无之?天祥今日……至于此，幸早施行。”临刑前夕，皇帝忽必烈亲自出马劝降，以宰相之职作为诱饵，妄图使文天祥投降，但遭文天祥严厉拒绝。忽必烈只好问他，那你究竟要什么呢?文天祥回答说：“愿以一死足矣!”文天祥这种以身殉国，视死如归的的伟大精神使得敌人束手无策，一筹莫展。这实际上等于宣布了反侵略战争的胜利，是正义的胜利和他自己所赞颂的“正气”的胜利。也等于宣布侵略者的失败，是一切投降派和卖国贼的失败。