（二）监管职能分散，协调难的问题依然存在。
由于我国对食品安全监管工作职能分散，从“农田到餐桌”的安全食物链分属多个部门管辖，这些部门管理体制不同，人、财、物的主管部门各有其主，食安委的成立，虽然在一定程度上解决了各部门各自为政的局面，但在职能整合、联合执法、职能链接、信息互通等方面仍然存在问题。
（三）食品安全监管经费投入不足，监管工作难到位。
据了解，2005年我市财政只投入经费418.3万元作为食品安全监管经费，经费严重不足，大大制约了食品安全监管工作的开展，造成我市、特别是县、镇食品检测装备落后，检测经费欠缺，无法有效发挥监管职能。
（四）食品安全监管执法工作存有阻力。
户我市大量存在无牌无照的小食店、餐馆、小作坊，他们分散在市区、农村，面广点多，同时我市驻军较多，随军家属就业困难，在部队周边开放小食店、小餐馆就成为就业的首选，在农村强制执法常常遭到不明***的群众围攻，在部队周边执法也遭到个别人员干扰，执法难度极大，给食品安全带来严重隐患，工作总结《食品安全工作建议》。
（五）食品安全监管人员编制不足。
我市地域宽广，生产、经营企业较多且分散，而各职能部门的执法人员均不能应付执法工作需要，严重影响了食品卫生监督工作质量。专业技术人员缺乏也造成了监管工作不到位的问题。
（六）市民食品安全知识及安全意识有待提高。
我市食品安全宣传教育工作较差，市民缺乏食品安全知识，人民群众特别是农村群众食品安全意识较低，自我保护能力低下，间接造成违法食品有市场需求，违法者有生存空间。