1．蜥蜴下颌骨的左右两半以骨缝结合，不能活动，口不能张大。蛇的下颌骨左右两半以韧带相连，彼此间可拉开，这是蛇的口可以张得很大的原因之一。
2．蜥蜴一般具有四肢，即使四肢都退化无存的种类，其体内必有前肢带（肩带）的残余。蛇一般不具四肢，即使有后肢残余的种类，其体内也绝没有前肢带的残余。
3．蜥蜴多具有活动的上眼睑和下眼睑，眼睛可以自由启闭。蛇的上下眼睑愈合为一透明的薄膜，罩在眼睛外面，看起来，蛇眼永远是睁开的。
4．蜥蜴多数种类的舌头都较宽大肥厚。蛇的舌头都很细长，前端分叉甚深，基部位于鞘内，常通过口前端的缺刻处时伸时缩，借以搜集外界（主要是食物）的“气味”分子，送入锄鼻器产生嗅觉。
5．蜥蜴一般都有外耳孔，即使没有，也可从外表看出鼓膜的所在。蛇没有外耳也没有鼓膜，所以外表上看不出听觉器官的痕迹。
6．蜥蜴的尾巴都较长，一般约等于（或仅略短于）头体长，或为头体长的2—3倍。蛇的尾巴相对较短，为体长的1/2到1/4（即尾长占全长的1/3—1/5）。