事业单位财务分析评价指标包括经费自给率、人员支出与公用支出分别占事业支出的比率、资产负债率等。
(1)经费自给率。经费自给率是衡量事业单位组织收入的能力和收入满足经常性支出程度的指标，是综合反映事业单位财务收支状况的重要分析评价指标之一。它既是国家有关部门对事业单位制定相关政策的重要指标，也是财政部门确定补助数额的依据，同时也是财政部门和主管部门确定事业单位收支结余，提取职工福利基金的依据。因此，事业单位必须准确计算经费自给率。其计算公式是：
经费自给率=(事业收入+经营收入+附属单位上缴收入+其他收入)/(事业支出+经营支出)
公式中各项收入不包括财政补助收入和上级补助收入;支出内容反映的是事业单位经常性支出。需要注意的问题是，为了使经费自给率具有可比性和连续性，在具体计算经费自给率时，有时临时性、一次性等特殊支出因素，造成经费自给率波动较大的，要予以扣除，如一次性专项资金安排的设备购置支出等。在计算经费自给率时，支出中因特殊原因需要扣除的项目，应报经财政部门批准。这样可以保证支出扣除的合理性，使经费自给率计算更为准确。
(2)人员支出、公用支出占事业支出比率。是衡量事业单位支出结构的指标。其计算公式如下：
人员支出比率=人员支出/事业支出X 100%
公用支出比率=公用支出/事业支出X 100%
人员支出是指事业支出中用于人员开支的部分，包括工资、补助工资、职工福利费、社会保障费和助学金。公用支出是指事业支出中用于公用开支的部分，包括公务费、业务费、设备购置费、修缮费和其他费用。
分析人员支出和公有支出占事业支出的比率，可以了解事业支出结构是否合理。事业单位的类型很多，各项支出对不同类型经费支出较多，设备购置费和业务费用等支出的规模相对较小，体现在总支出中，人员经费所占比重就比较高;另一些单位如自然科学研究单位及医疗单位等，其业务费支出要大得多，在支出中公用支出所占比重就较大。不能按照相同的标准来分析评价不同类型的事业单位支出结构是否合理。但事业单位可以根据自己的业务特点和人员状况，通过与以前年度的比较、分析本单位支出结构变化及发展趋势是否合理。还可以与不同类型的事业单位进行横向比较，了解本单位与先进单位的差距。从总体上看，人员支出占事业支出的比例不宜过高。事业单位要通过各种努力，逐步调整支出结构，尽可能地提高公用支出占总支出的比重，否则，事业单位有限的资金用于人员经费开支，将不利于事业发展。
(3)资产负债率。反映一定时期负债占事业单位资产总额比例的一个指标。它能够衡量事业单位利用债权人提供的资金开展业务活动的能力，以及反映债权人提供资金的安全保障程度。资产负债率是新增加的一个财务分析评价指标，它是适应事业单位财务制度改革整体要求而设置的。其计算公式是：
资产负债率=负债总额/资产总额X 100%
从债权人的角度看，资产负债率反映贷给事业单位款项的安全程度;从债务人角度说，资产负债率说明事业单位利用债权人提供资金进行业务活动的能力;从事业单位的性质上看，资产负债率保持一个较低的比例较为合适。