药品零售连锁企业是我国医药零售产业发展的一种新的营销方式和管理模式，它是我国市场经济体制改革不断深入完善的产物，在药品零售市场中占据了主导地位，日益被社会所认同。跨地域连锁企业如雨后春笋般蓬勃发展，展现出了无限生机。但是，在企业管理体系实际运行中，也逐渐显现出不少缺陷及问题。
如跨地域连锁网点延伸面广，再加上机构、人员配置有限，在对所辖网点的指导和督导上实施不到位；对制度执行情况无法进行有效监控，出现了管理上的失控；另外受地域交通的限制，药品统一配送也无法到位等。上述问题的存在，说明跨地域连锁仍存在着某些缺陷。为提高药品零售企业的整体管理水平，合理配置资源，作为一种探索，重庆市区于开始发展了一批区内药品零售连锁企业。经过发展现已形成基本格局：一是以药品批发企业为依托组建的药品连锁，有基础，有实力，管理较规范；二是零售药品企业为扩大经营规模，经重组整合而组建的药品连锁，虽然基础较差，规模小，但有发展潜力。
这种格局的形成，在一定程度上弥补了跨地域连锁的局限性。作为一种连锁形式，区内药品连锁企业在整顿和规范药品流通秩序，有效防止假劣药品进入流通领域中发挥了重要作用。一是有利于地方药品监督管理部门加强对药品流通环节的监管，大大提高了监督管理的集中度和有效性；
二是解决了跨地域连锁企业在管理上的脱节和统一配送不到位的问题；三是规范了药品市场流通体制的散、乱、差问题，通过优化组合，促进了药品零售产业向规模化、集约化发展；四是为打造连锁品牌企业、跨地域发展奠定了良好的基础；五是连锁企业网点的延伸，解决了农村边远地区农民吃药难的问题。区内药品零售连锁企业因为起步较晚，其组织模式和管理方法还在不断的探索和完善之中。
在发展过程中存在着许多问题，主要表现在：有的药品连锁企业一味追求上规模，大量收编加盟药店，导致管理上的失控；有的药品企业管理机构人员素质低下，经营管理上呈无序状态；有的药品企业名为药品连锁，实则各干各的，根本未实行统一管理，统一配送；更有甚者，借“连锁”之名，行“批发”之为。
上述种种问题的存在，严重阻碍了药品零售连锁经营企业的健康发展，亟待进一步规范：（一）药品监督管理部门在坚持“以监督为中心，监帮促相结合”的工作方针的同时，把推进药品零售连锁与整顿规范药品市场秩序结合起来，严把准入关，防止低水平地一哄而上，盲目发展。
（二）大力鼓励和支持区内药品零售连锁经营的发展，特别是农村边远地区网点的建设，实行政策上的优先扶持，在其经营硬件的准入标准上适当放宽。
（三）加强对区内药品零售药品连锁企业的动态管理和正确引导，对未实行“五统一”管理，药品质量保证体系不健全，不认真实施gsp，质量管理水平滞后，规范发展上达不到要求的企业要坚决撤销其资格，予以取缔。为此，笔者认为，结合地方实际，合理布局，建立区内药品零售药品连锁企业，是适应医药经营体制改革要求的药品流通新格局的一种大胆探索，应得到大力支持和鼓励。