合作开发是指两个以上的自然人、法人或者其他组织共同进行的开发。共同开发完成软件作品的著作权的归属如何确定呢?
实践中，软件的开发涉及很多方面的工作，例如软件的需求分析、功能设计、算法设计、编程以及测试，这些工作可以是一个人做，也可以是多人合作，相应的合作开发的形式也是多样的：有的合作者提供开发思路，有的合作者提供编程创作，有的合作者提供需求分析，有的合作者提供资金、设备。
在众多的合作者中，如何确定软件著作权的归属呢?没有参加创作、但提供了设备和资金的合作者能否享有著作权呢?《著作权法》第13条规定，两人以上合作创作的作品，著作权由合作作者共同享有。没有参加创作的人，不能成为合作作者。但是对于软件作品而言，其开发组织工作较一般的文字作品的创作更为复杂，不仅涉及众多的参与人员，而且对设备、资金的需求较大。如果提供了资金和设备的合作者不能享有合作软件的著作权，显然不利于鼓励软件作品的开发。因此，《计算机软件保护条例》并没有按照《著作权法》的规定将合作开发的组织者和资金提供方等排除在开发者之外，合作开发的软件的著作权归属由合作开发者签订书面合同约定。
既然合作开发者可以在书面合同中约定软件的著作权，那么合作开发者在合同中既可以约定一部分合作者享有著作权，一部分合作者不享有著作权;也可以约定不同的合作者享有不同的软件的著作权。例如：可以约定一部分合作者对合作开发的软件仅享有署名权而不享有复制发行权和获得报酬权。
在软件合作开发合同中，著作权的归属是一项重要的内容。涉及著作权的归属问题应该涵盖以下几项内容：
(1)著作权归属于谁?合同中应该明确合作开发的软件的著作权是合作开发者共有还是由部分合作开发者享有。
(2)开发者拥有著作权的具体内容是什么?合同中应该明确拥有著作权的开发者都享有著作权的哪些权利，例如署名权、使用权、许可他人使用权和销售权。
(3)其他开发者对于合作开发的软件是否还享有其他权利?虽然合同中可以约定合作开发软件的著作权归属于某一开发者，但是对于其他开发者是否还有一定的权利，例如为了宣传的目的.进行软件展示的权利或者在自己内部使用的权利等等。
(4)对于合作开发软件的升级开发的权利是如何约定的?软件开发完成以后即获得了著作权。但随着技术的进步和实际应用需求的变化，任何一个软件开发完成后都不会是一劳永逸的，软件是需要进行升级开发的。升级开发一方面可以修改以前版本的软件存在的缺陷，另一方面可以根据用户需求的反馈增加软件的功能或者根据技术的进步增加软件对系统软硬件环境的适应性。对于软件升级版本的开发是软件开发者的一种权利。因此，合作开发合同中应该明确软件升级版本开发的权利归属。
需要明确的是，《计算机软件保护条例》明确规定合作开发合同应该通过书面方式签订。如果没有签订书面合同，则很难界定清楚著作权的归属，一旦出现纠纷，就更无法证实当初的约定。此种情况下，只能按照无书面合同处理。
没有书面合同的，对于可以分割的软件，开发者对各自开发的部分可以单独享有著作权;但是，行使著作权时，不得扩展到合作开发的软件整体的著作权。这一原则充分尊重了软件开发者的劳动，既保护了软件开发者的权利，符合著作权属于作者的基本版权原则，又限制了分割部分软件的著作权行使范围仅限于该分割的部分，不能扩展到合作开发的软件整体。
对于不能分割使用的软件，合作开发的软件著作权是依据民法“共有”的原则处理的。共有是两个或者两个以上的人(自然人或者法人)对同一项财产享有所有权。共有的法律特征包括三方面：
(1)共有的主体不是单一的，而是两个或者两个以上的自然人或者法人。两个以上的自然人、法人或者其他组织合作开发的软件著作权的主体符合共有这一主体特征。
(2)共有的客体是特定的独立的物，共有物在共有关系存续期间，不能分割为各个部分由各个共有人分别享有所有权，而是由各个共有人共同享有其所有权，各个共有人的权利及于共有物的全部。
(3)共有人对共有物平等地享有权利。共有人对于自己的权利的行使并不是完全独立的，在许多情况下要体现全体共有人的意志，要受其他共有人的利益的制约。
按照共有的上述法律特征，《计算机软件保护条例》明确规定，合作开发的软件不能分割使用的，其著作权由各合作开发者共同享有，通过协商一致行使。
对于不能协商一致，又无正当理由的，任何一方不得阻止他方行使除转让权以外的其他权利，但是所得收益应当合理分配给所有合作开发者。这里，法律赋予了软件合作开发者对合作软件的合理使用和获得报酬权，但前提是取得的收益应合理分配给所有合作开发者，并且任何合作方未经其他各方的同意，不得擅自转让合作软件的著作权。这样，既保护了软件合作开发者的个体利益，也维护了合作开发者的群体利益。
软件合作开发合同范本
甲方：_______，身份证号_______
乙方：_______，身份证号_______
丙方：_______，身份证号_______
丁方：_______，工商执照号_____
鉴于，协议各方均为计算机软件专业开发人员，能够进行创造性的软件开发活动。并且，协议各方有意愿共同从事_______软件的开发工作。为了规范各方的权利义务，在《中华人民共和国合同法》及其他相关法规政策的原则指导下，订立本协议书，各方共同遵守：
第一条 、合作宗旨
为完成______软件的开发工作，并共同享有开发成果而合作。
第二条 合作项目和范围
协议各方共同开发______软件，合作范围包括软件的代码编写、调试、测试等开发工作。
第三条 合作期限
合作期限为一年。
第四条 合作方式
1.协议各方按照软件编程工作的正常分工进行编写，任何一方不得随意更改软件的重大功能和事项，以免对其余各方造成履约困难。
2.合作各方应坚持勤勉努力诚实信用的原则，进行各方分别负责的软件的编程工作，并考虑到各方软件的兼容和接合。如部分合作人发生特殊技术困难，其余合作方有义务为其提供合理适当的技术帮助。