地势西高东低，海拔一般在3～4米，灌河口附近只有1.7米。地形西宽东窄，状如一朵绽开的喇叭花。县域总面积1027平方公里，其中水域面积263平方公里，耕地77万亩。县内土壤属潮土类，根据地貌特征大致分为3个不同的农业类型区。即：灌河淤土农业区，含堆沟港、五队、田楼、长茂、北陈集、大圈、张店、三口、张湾9个乡镇及三口良种场、渔盐办事处。
土壤以粘性盐潮土为主，也称新淤土。盐西竖土农业区，含白皂、汤沟、孟兴庄、李集、六塘5个乡镇及蚕桑场和县果园。土质属黄潮土，也称无盐害老淤土。东南沙碱土农业区，含硕湖、新安、花园、新集、百禄、小窑6个乡、新安镇和县农场、北洋果林场等单位。土质以碱化潮土为主，其中县内土质较好，对于发展农业生产潜力很大。
灌河位于连云港市南端，是苏北地区最大的入海潮汐河流，唯一在干流上没有建闸的黄金入海通道。干流全长74.5千米，一般河宽350米，水深7-11米。内可以经盐河、京杭大运河通达长江、淮河，外可以直通黄海、东海、渤海、南海四大海域与日本、韩国通航，具备海河相通、河河相通、江河相通、河陆相通的良好集疏运条件。由于重要的地理位置和优越的资源优势，专家称灌河可与德国的莱茵河、英国的泰晤士河媲美，是“苏北的黄浦江”