明清时期陪都地区出现了留守制与两京双套制同时存在的情况。明代中都留守、兴都留守皆与之前朝代相同设置留守司进行管辖，北京作为行在(陪都)时设行在五军都督府进行管辖。明代南京、清代盛京则在相应的留守机构外实行两京双套制，即在陪都地区比照首都设立了一整套的中央官制，实行中央机构双套制，这是中国古代陪都官制发展的极致。
明清时期，陪都南京和盛京皆未设置留守司。明代南京是将之前包括六部在内的官署保留下来作为留守机构，其中具有实权的是南京太监留守、南京守备、参赞机务。清代盛京的留守机构是以盛京将军衙属、奉天府衙、盛京五部、盛京内务府组成。明清陪都官制皆属京官，陪都官制设置基本比照主都官制以及机构而略有减少，职权不及主都，主都陪都官制实行双套制，陪都机构除打理陪都日常事务外，亦有“备用”之意。
一、明代陪都官制
明代曾出现多个陪都，包括明初的北京开封府、中都凤阳府，成祖初期的行在北京，定都北京后的两京主体制下陪都南京，以及嘉靖年间的兴都承天府等。
北京留守行后军都督府中“置左、右都督，都督同知，都督佥事，无定员，经历、都事各一人。后又分五府，称行在五军都督府”。同时，并设留守五卫，仍然属于五府，其职掌为“分守城门及更番点阅皇城四门”。
南京留守机构的职官设置由原作为京师遗留并继续保留下来的六部、南京守备(包括南京内守备、外守备、协同守备)、南京参赞机务、南京五军都督府、南京卫指挥使司等组成。作为两京双套制的南京六部与北京六部相比，尚书官品与职权皆低于北京，多为闲职，其中最为重要的是兵部，“成化二十三年始奉敕谕，专以本部尚书参赞机务，同内外守备官操练军马，抚恤人民，禁戢盗贼，振举庶务，故其职视五部为特重云”。
迁都北京后，南京留守机构以“命中府掌府事官守备南京，节制南京诸卫所”。南京守备、参赞机务则掌有实权，是此前各朝陪都留守制度的延续，但权力有所分散。南京守备掌节制南京诸卫所，及南京留守、防护事务。明洪熙元年(公元1425年)，以宦官同守备，即“以内臣同守备”。守备以公、侯、伯充任，兼管南京中军都督府。守备包括内守备与外守备、协同守备。协同守备以侯、伯、都督充任，兼管前、后、左、右、中五军都督府事务，以中府为治所，节制其他各府。
南京内留守多数为太监，也掌有实权，如刘琅，“冬十月，巡抚孙燧捕贼首吴十三等，系南康府狱，濠恐泄谋，阴令贼党劫狱夺之。十四年春二月，宁王宸濠持重贿交通南京留守太监刘琅”。内守备常常凌驾于他官之上。“南京外守备、协同守备作为武职官员，在南京守备制度中占有一席之地，明初期其地位最高，作用最大，明晚期则衰落。南京守备武臣在南京守备制度中的地位和作用，是与明代政治制度的发展变化相一致的”。参赞机务一人，以南京兵部尚书兼任，“掌南都一切留守、防护之事”，“设立之初，原为参赞南京外守备所设，虽有分权牵制之意，其地位、权力均次于外守备，明中叶后守备南京方面的权力逐渐高于内外守备，其权力为南京百官之首，地位为南京文官之首”。
守备、协同守备之下设南京五军都督府，其职官包括左右都督、都督同知、都督佥事、经历、都事，但是这些官职不一定同时都设置。担任南京五军都督府的官员都具有勋爵或三等都督的品级，其职能为“分掌南京卫所，以达于南京兵部”。有下属机构具体负责相关事务，如“凡管领大教场及江上操备等事，各府奉敕分掌之”，“城门之管钥，中府专掌之。初设城门郎，洪武十八年革，以门禁锁钥铜牌，命中军都督府掌之”。
在两京双套制下，“南京官品秩，俱同北京”;也就是说，“南京所设的文官六部都察院、武官五军都督府，都是最高一级国家机构，与北京同级”，其官员亦属于京官。
二、清代陪都官制
清代时期，陪都留守机构仍然未置留守司，而是设立了其独特的管理机构，并且细化了这些机构的设置、职掌、品级、人员等方面内容。清代历史上两个重要的陪都分别是留都盛京、行都承德。盛京地区，盛京将军、奉天府、盛京五部、盛京内务府是陪都的几个主要机构。盛京将军是盛京地区的最高军政长官，相当于以往的留守，最初称之为“镇守盛京京城总管官”。顺治二年闰六月壬辰日“定文武官员品级”时，定“……镇守盛京京城总管官、贝勒壻多罗额驸、摄政王下内大臣为二品”。顺治三年，升盛京京城总管官为昂邦章京，品级为一品。康熙元年，盛京昂邦章京改称为镇守辽东等处将军;康熙四年，改称为镇守奉天等处将军;乾隆十二年又改称为镇守盛京等处将军，简称“盛京将军”。奉天府：清廷即“以沈阳为奉天府，置府尹”，奉天府尹与京师顺天府尹平级，为正三品，比一般行省的知府(从四品)高三级，权力同于行省，与北京顺天府地位相同，此为陪都之特殊规制。盛京五部直隶中央，官员均不设尚书，只设侍郎，“品秩视京师。各部同”。而且侍郎以下各官，“俱系满缺，间用汉军、汉人，出自特简”。盛京内务府是京师总管内务府的分支，建立之初，其总管大臣一职就由盛京将军兼任。盛京内务府地位虽高，但并不掌握地方军政大权，只是管理皇室经济事务，所以皇帝才放心地委任盛京将军担任总管大臣。直至清末，这一职务一直由盛京将军兼任。由此看来，盛京将军、奉天府尹、盛京五部侍郎皆为京官。从制度角度讲，在《清代职官年表》中，盛京五部侍郎始终被列入中央国家机关的职能序列、奉天府尹始终被列入“京卿年表”，两京双套制十分清晰。
综上所述，明清时期陪都地区实行的官制是在留守制之上的两京双套制，留守官制在名称和具体职官设置上与前代有所不同。而在陪都留守制之外另设的比照主都但地位略低的中央机构体系，无疑是这一时期陪都留守官制的最大变化和发展。