由于个人所得税具有很强的政策性，随着国家相应政策的改变，特别是针对于税率和起征点的变化，税务系统就需要的对计算公式和流程作出相应的调整，如果不能及时升级，便需要进入后台进行手工调整。个人所得税管理系统的输入数据可以手动录入也可以从外部成批量的数据导入，但需要进行相应的格式转换，尤其是对于不同的字段，格式要求非常严格。而几个学院，职能部门来报销时提供的报表往往是自制的以不同格式编制的纸质报表，加上财务系统为防范病毒等威胁，很难将外部报表移植到税务管理系统中批量计算，即使成功移入财务电脑中，格式的转换，不仅耗时又容易出错，因此格式的不一致严重影响了批量计算的实现。在业务量小时，即只有个别几个人报销时可以单独手工输入金额，计算当月应缴纳的个人所得税，但是往往各个节日发放福利费、加班费、期末年底发放课时费时，是各个学院、职能部门一起发放，就会涉及到几百人甚至几千人，在不能批量计算的情况下只能依赖传统的手工录入计算，大量的人工核算不仅降低了计算结果的准确性，还非常耗时，费力，即便采用Excel强大的数据处理功能，也可能因为录入数据的错误或不完整性导致错误。因此，代缴代扣个人所得税工作的复杂性导致了税务管理系统仍处于半自动化状态。
高校个人所得发放与税务处理的不同步，加大了税务计算的难度和纳税的不合理性。
1、个人所得收入的不定时发放，导致不能合理累加计税。高校个人所得税一般是在发放当月工资时便计算出来代缴代扣，但是每个月教职工还有其他的收入所得，这部分收入不是定时发放，比如评审费、加班费等，有可能在短时间内还不止发放一次，需要与当月工资和本月先前发放的薪金收入一起计税，而先前每人已发放的薪金数据难以统计，因此每次报销其他收入时，只能与当月的工资合并计算，这在某种程度上降低了个人应当缴纳的个人所得税，造成了税务部门检查时，学校的税务管理风险。
2、统一税率导致不同的工资级别，不合理纳税。各个学院，职能部门不定期发放的等额加班费、评审费，由于人数较多，在日常工作中往往会采用一个统一税率计算应缴所得税额，使每个教职工的代扣税额相同，这显然不符合实际情况，因为每个教职工的工资级别不同，所使用的税率也不同，用一个统一税率计算整体的纳税额势必会导致应多纳税的人少纳税了，不应纳税的人纳税了，产生纳税的不合理性。例如：某个学院30人，教授10人，适用税率为10%，讲师10人，适用税率为3%，助教10人，工资未达到扣税标准，如果当月均发放福利费1000元后，三者适用税率不变，则应纳税所得额=1000*10*10%+1000*10*3%+0=1300元，如果采用统一的最低税率3%对总体收入计算个人所得税应缴纳额=1000*10*3%+1000*10*3%+1000*10*3%=900元，平均下来这样便使教授少纳税了700元，助教多纳税300。
3、集中发放个人所得，加重纳税负担。由于高校课时费计算的依据是教学工作量，教学工作量只有在各学期期末或年底才能汇总出来，因此课时费等的发放一般都集中在每学期期末或年底，而税务处理遵循的是收付实现制原则，个人所得税按发放当月计税，使得教师的一些本属于不同期间的收入只能在发放当月集中扣税，从而造成应纳所得税额的不合理增加。
作为执行部门的财务部门只是按照确定的标准完成各项课时费、津贴的发放任务，并不能决定收入分配总量、分配标准以及分配时间，所以不可能单独完成纳税筹划工作。纳税筹划的主体应是在单位中能够决定收入分配总量，制定或确认收入分配标准以及发放时间的部门，这主要涉及到能够统计工作总量的教务部门，制定和确认收入分配标准的人事部门，及执行发放并计算应扣个人所得税的财务部门，但由于教职工工作量，工资等级等相关信息没有共享的资源库，因此这三个主要部门很难相互配合和及时沟通使税收筹划得以实现。
针对以上存在的问题，本文建议从以下方面进行对高校个人所得税纳税管理的不断改善，从实际出发制定适合自身校情的纳税方案。
1、提高高校教职工对作为纳税人的认知
作为纳税义务人在履行纳税义务的同时也享有着纳税人的权力，而在当今中国这种义务和权力存在的不对等性，纳税人在纳税后，并不清楚税款的去向，不清楚我们所缴纳的税款在为谁买单，也正是因为人们大多数缺乏这种纳税人维权的意识，才使得这种不对等性的延续。因此，不能只是单方面的提高教职工的纳税意识，而是应该提高教职工对纳税人权利义务的认知，只有在清楚了自己享有的权力后才能更好的实现自觉纳税。高校可以通过不定期的对个人所得税法的宣传，及时公布更新的相关法律政策，增强教职工的税法意识。此外对于税务机关检查出来的未按规定缴纳税款的情况，应当进行追溯，由未缴纳的个人补缴，不应再由学校承担税款的补缴，这样既减轻了学校的负担，还提高了教职工自觉纳税的意识，消除了逃税的侥幸心理，实现了对其他教职工的享有学校公共资源的公平性。
2、加强部门之间的配合，建立有序的税务代扣代缴机制
财务部门作为扣缴个人所得税的执行部门必须得到相关部门的配合和支持，同时做到有法可依、有据可查，扣缴的每一分钱都明明白白，才能减少高校的税务风险，避免不必要的处罚。因此，首先要加强高校内部财务部门、人事部门、教务部门以及各院系之间的协调，通过及时有效的沟通，把各个环节的工作衔接起来，作出合理的税收筹划，这种协调沟通可以借助高校税收信息化管理实现。其次，加强对高校执行代扣代缴的工作人员进行定期培训，出外学习，以进一步完善代扣代缴的工作机制。
3、加强高校税收系统信息化管理
资金流循环和信息流循环是高校内部进行日常管理的全部核心，两者密不可分。高校改革的一个重要环节就是实现二者的协同管理，因此高校的财务软件也必须顺应这一发展趋势。当前很多高校的管理体制仍旧是各部门之间各自为政的局面，使得各部门之间的信息互相孤立，不能即时获取使用，不仅降低了工作效率，还造成了同一数据统计上的不一致，因此实现各部门之间信息的整合与共享越发重要。针对于个税系统管理建设，通过借助信息化管理，把教职工信息共享作为规范化管理的切人点，建立连接人事、财务、教务等有关部门的高校教职工信息数据库，完善个税管理信息系统，使得个税的扣缴工作可以通过几个部门网络信息的沟通得以实现，从而提高工作效率，避免扣缴中的错误。但这种全面运行办公自动化，完善、升级现行软件功能模块，不仅需要较大的投入，还需要相当长时间的磨合，因此对个人所得税信息系统的改进，要逐步进行。
4、寻求合理避税途径进行税收筹划
纳税筹划不是逃税、漏税而是通过对纳税业务进行事先筹划，制订一整套的纳税操作方案，从而达到节税的目的，使税后收人达到最大化，避免因政策的错误使用，不合理计算而导致不必要的多纳税。高校可以通过充分利用国家税收优惠政策减少计税工资，合理筹划年终奖金避开纳税的敏感区间，按年统筹收入分月均衡支付等途径减少不必要的纳税。纳税筹划是纳税人的一项基本权利，但纳税筹划方案合法与否，最终由税务机关认定，因此高校财务人员在进行纳税筹划时，要加强与税务机关的沟通，使制定出来的纳税筹划方案得到认可。