首先，教学秘书要协助本科室主任处理好具体教学事务和日常工作。如协助制定、修订、审定教学计划，并在每学期前填好教学计划表与教师审批表送教学办审核，以及做好教师任课安排;做好重修、补考等日常工作安排。同时必须协助领导和相关部门完成各项其他教学管理工作和教学检查，如协助教学办做好本专业每学期末考试成绩登记，做好临床技能考核工作、同时做好每学期试卷成绩的分析工作等。在这些工作过程中一定要注意细节，尽可能避免差错的发生，因为这些工作完成的好坏将直接影响整个教学环节的实施，会给教学管理工作造成混乱，严重的会导致教学事故的发生。
其次，当好领导的参谋，为领导决策提供依据。教学秘书工作的有效开展会减轻领导的工作压力，使其能够有更多的时间和精力来处理更重要事。如做好试卷分析是教学秘书必须完成的一项工作;同时就一些学科热点问题提出自己的观点与看法，给领导出谋划策;还可以通过组织学生座谈会、听课、问卷等多种形式，广泛征求学生意见，对教师的信息进行搜集、整理，形成一定的总结性材料提供给领导，以便及时发现问题、及时反馈，提高教学质量和效果。
第三，教学秘书工作的特殊性决定其在工作过程中会由于内部、相关部门或学生等因素，不可避免会碰到一些矛盾或冲突。这就要求教学秘书应该从教学大局出发，进行协调，对冲突要耐心解释。如在安排教师课表过程中，不可避免会遇到部分教师与临床工作在时间上发生冲突，这时要尽力从大局去考虑，寻求最佳解决方案;碰到与学生之间的矛盾，要虚心听取学生的建议，耐心说服解释。
第四，教学秘书工作过程中严谨认真的工作态度至关重要。是否具备认真的'工作态度是衡量一个教学秘书是否合格的标准。在工作过程中要去动脑筋思考问题，去研究总结，要大胆探索。
第五，教学秘书要掌握科学工作方法。科学的工作方法来自总结、思考。首先要学会搜集资料，要制定完善的工作计划，要整理出基本的工作资料，比如本科室教师的专业、每周门诊时间、班级学生名单、教学工作计划、教学工作日志和日历等等，以便在需要时可以随时调出使用。其次要注重工作的效率，要不断总结，改进工作方法，提高工作效率。一般开学和放假时比较忙，要学会把一些工作提前完成或进行。要发挥自己的主观能动性，分清工作的主次关系，要有序地完成，使整个工作有条不紊，达到最高的工作效率。