在我国，知识产权的保护是通过行政手段与司法手段共同运作来实现的。由于二者之间缺乏必要的职能范围上的衔接，因此责任机构的双重性并未在此基础上形成协同合作的处理机制。这样一来，当行政机构和司法机构面对同一知识产权案件的受理时，就会各自依照本机构的保护标准进行审定，从而导致两个机构的处理结果不一致的情形出现。这一冲突不但对国家机构的权威性造成不利影响，同时也削弱了对知识产权犯罪的打击力度。因此，为了给知识产权提供良好的保护环境，必须对知识产权方面的执法标准进行规范，解决机构间的冲突。
一、知识产权行政保护与司法保护冲突的表现
（一）直接冲突
一旦发生了知识产权犯罪行为，带来的后果很有可能从直接受害人波及到整个公共秩序，从而对社会利益构成威胁。对于直接受害人来说，一般会选择依靠司法解决或行政处理两种维权途径；但对于公共秩序的扰乱，行政机构可直接进行干涉而无需经过案件当事人的申请，只需依照自身权利职责即可对违法行为给予相应的行政处罚。这样一来，司法机构与行政机构对案件得出的结论就不可避免地会发生分歧，但又在法律效力上难分高低，由此便产生了在知识产权的保护中行政保护与司法保护的直接冲突。
1.私权保护中的直接冲突
这种类型的冲突主要发生在《专利法》和《商标法》中涉及到的相关违法行为的处理当中，具体可分三种情况：
第一种：当侵权行为发生以后，案件当事人以《专利法》或《商标法》为法律依据，首先向行政机构提出介入处理申请，而行政机构对侵权行为的发生不予认可。这时案件当事人并未继续发起行政诉讼，而是转向人民法院提出民事诉讼申请。法院会针对侵权案件展开全面调查，并很可能在审查后作出侵权行为成立的审判结果，这样就与行政机构的审定结果出现矛盾，引起直接冲突。
第二种：《专利法》和《商标法》中明确规定一旦侵权行为的构成通过了行政机构认定，可先就赔偿金额进行调解，若调解不成，当事人还可就赔偿金额问题根据民事诉讼法向人民法院提出民事诉讼。但法院会对整个案件进行重新审理，并可能在审理之后认定侵权行为不成立，同样与行政机构产生了直接冲突。
第三种：行政机构与司法机构处于不同的地方管辖范围内，对同一案件进行各自独立的审理并得出相应结论，很可能发生双方审判结果互相矛盾的情况。
2.公共利益保护中的冲突
由于知识产权具有一定的公益价值，因此有些知识产权犯罪行为会对消费者的行为产生误导，对正常有序的市场运行构成了危害，给知识产权管理带来破坏。正是因为此类行为同时构成了民事侵权和行政违法，因此侵权责任人应接受民事与行政的双重制裁。其中，法院针对受害人的申请开展民事处理，而行政机构则从国家角度对危害公共秩序的违法行径进行行政处理。二者的工作程序在职能定位与处理目标上完全不同，且极有可能在最终审理判决中无法取得共识，从而引起行政保护与司法保护的直接冲突。
（二）间接冲突
1.知识产权侵权与确权之间的冲突
无论是商标权，还是专利权，都是在通过行政审查之后生效的。法律对不具备授权资格的专利或商标权专门设置了确权程序，用来维护公众的总体利益，为知识产权法律的严格执行提供保障[3]。在实际案例中，多数知识产权中的确权纠纷本是由知识产权犯罪的民事纠纷引起的，这样就使民事纠纷与行政确权活动产生了交叠。尽管表面看来，司法机构和行政机构都是在自身职权范围之内对于案件的不同侧面做出回馈，彼此之间互不干涉。但从本质上说，法院在进行民事裁决时往往会参考知识产权效力的.预判，由于知识产权已属于公众范畴，因此法院可能宣判不构成侵权，与行政机构产生间接冲突。
2.知识产权犯罪移送中的冲突
由于知识产权的保护具有一定特殊性，许多实际案例中往往由知识产权行政管理部门代为查处，而对于一些情节严重已构成犯罪者，本应将其移交至公安部门或检察院进行处理但却未能或无法移交，使得本应受到刑事制裁的犯罪行为受到了相对宽容的处理，行政与司法的无形冲突因此产生。
二、知识产权行政保护与司法保护冲突的协调
（一）完善知识产权行政与司法保护衔接机制
1.加强执法衔接和协作
由于知识产权案件中往往会涉及到不止一个部门，为了统一各部门间的判断标准，就必须在强化行政机构与司法机构之间的协作方面加大力度，这也是国际上最为普遍的做法。我国目前的知识产权制度体系内，知识产权的冲突通常表现的更为明显。因此近些年来对行政机构和司法机构间的合作沟通的探索已开始逐渐深化，例如对建立知识产权维权援助中心的方案研究，建立知识产权维权司法救济或行政救济的衔接机制的思考等等，从而为更有效地解决知识产权保护的冲突问题提供合理的出路。
2.统一执法标准
在现行的运作机制下，使得行政机构与司法机构分别使用着不同的执法标准，在长期的运转下已形成彼此互不干涉的执法体系，且两个体系存在多方面的差异，可见体系的非单一性必然导致冲突的产生。为了二者能够共享同一的执法体系，首先要规定出统一的执法标准。执法标准主要包括对法律内容的解读，事实的确认标准，有效证据的确认标准，执法流程等多方面内容。执法标准的统一在冲突的消除方面意义十分重大。
（二）逐步完善知识产权立法
1.理顺行政执法主体多元的问题
我国对知识产权的受理工作是由若干划分程度较精细的部门分别负责的。这种划分方式使得各机构的职责范围十分明确，并使工作进程效率更高、更加方便。但同时，过于分散的组织结构又使得处理问题时产生过多执法主体，从而不利于协调运作。这样，就在行政机构与司法机构出现冲突的情况下，又另加了行政机构的内部冲突。鉴于这一情况，我国可考虑对其他国家的成功经验加以借鉴，并以我国的实际国情为基本出发点，积极推进知识产权行政执法职责配置的改革。改革应在保留机构基本设置框架的基础上，对现有的知识产权执法力量加以整合，从而建立起联动、高效、全面的知识产权执法团队，这是当前形势下对知识产权执法力量优化的最佳出路。
2.设置合适的司法审查模式
《国家知识产权战略纲要》对司法机构和行政机构在知识产权上的冲突解决方法提出了明确要求。具体可从以下几方面进行改进：第一，建立知识产权的“三审合一”的司法审查模式。这一模式目前正被许多地方法院探索或试行，在该模式运行下，人民法院与行政机构的执法标准得到了统一，法律的可预见性得以增强，这样就最大程度地避免了因执法标准不一致而导致的机构间的冲突，从而维护了国家机构的权威。
三、结论
本文通过对知识产权行政保护与司法保护的冲突进行分析，指出了尽快解决冲突的必要性和重要意义。本文对知识产权行政保护与司法保护冲突的表现进行了全面概括和总结，同时，也对知识产权行政保护与司法保护冲突的协调方案进行了探讨，强调了加强司法机构与行政机构之间协调合作的重要性。
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