为配合国务院组织推动的财政集中收付制度改革，人民银行参与设计并组织实施了国库资金集中支付模式。但该模式下的“先付后收”的国库资金支拨清算方式与“银行不垫款”的支付清算原则存在冲突，不能得到集中支付代理银行配合，导致国库资金支付清算渠道不畅。建议引入国库支票，实现真正意义上的国库资金集中支付。
一、当前的国库资金集中支付模式
财政选择集中支付代理银行，在代理行开立财政零余额账户和预算单位零余额账户。在此基础上，国库资金集中支付分为两种情况：
一是直接支付。即由预算单位按批准的部门预算和用款计划，向财政部门提出支付申请，财政部门审批后，向集中支付代理行签发支付令（支付凭证），并同时向人行国库发出支付信息和额度通知。集中支付代理行当接受财政签发的支付令（支付凭证）后，无条件向收款人付款。
二是授权支付。由预算单位向财政部门提交月度用款计划申请，经批准后，财政部门将预算单位的月度用款计划额度通知集中支付代理行，并同时向人行国库发出支付信息和额度通知。预算单位在月度授权用款限额内，自行一次或多次开出支付令（支付凭证），通知财政集中支付代理行向收款人无条件支付。
无论是财政直接支付模式，还是财政授权支付模式，代理行接到支付令后，根据与财政部门的《代理协议》先垫付资金无条件向收款人付款，代理行根据当日代理财政支付情况编制《申请划款凭证》，通过同城清算向国库申请划款，国库根据集中支付代理行提交的申请划款凭证与财政发出的支付信息和额度通知，审核无误后，将库款划拨到集中支付代理行财政零余额帐户上，并通知财政部门款项已付，完成国库资金支付全过程。
二、存在的主要问题
（一）该模式受到代理行会计核算制度限制而无法得到执行
根据“银行不垫款”的支付清算原则，集中支付代理行自上而下的内控制度及会计核算系统不允许对公结算业务实行“先付后收”垫款支付方式在其核算系统中出现，因而在实际运作中，国库资金支付并未按规定的模式进行。实际情况是，财政部门或预算单位签发支付令（支付凭证）提交给集中支付代理行，集中支付代理行无法满足预算单位垫款支付给收款人的要求，而是汇总当日财政和预算单位签发的支付令（支付凭证）笔数和金额，编制《申请划款凭证》，先向国库清算资金，代理行实收国库拨款资金后，才支付给收款人或收款单位。这样导致凭证传递环节多，资金清算时间长，降低了国库支付效率。
（二）资金清算行为游离于金融法规之外，日常监督缺位
在以《代理协议》约束财政与代理行之间的经济行为的资金支付模式下，代理行不执行垫款支付行为，财政部门基于以后单位间的合作和情面，只要不出现资金损失，往往持放任态度，不予追究。人行国库对代理行不执行垫款支付、延压财政和预算单位支付令的行为因缺乏行政执法监督的依据也无法处理。
（三）财政资金支配权的让与与法规相悖
《预算法》笫四十八条、《国家金库条例》笫四条规定：各级国库库款支配权，按照财政体制和管理规定，分别属于同级财政。集中支付清算模式下，《代理协议》将库款支配权转让代理行，代理行凭其自己印鉴及制作《申请划款凭证》支付财政部门开立在人行国库的账户资金，库款支拨权的转让与《预算法》、《国家金库条例》不符，与《银行结算办法》的结算基本原则中“谁的.钱由谁支配原则”相悖。
（四）该模式与国库会计核算要求不符
国库会计是银行会计的分支，在办理银行业务的同时，更多的是办理财政预算收支业务，这就要求国库会计凭证要素具有银行资金清算和预算收支核算的双重特性。代理行《申请划款凭证》栏式的设计满足银行间资金清算特性，却忽略了库款支拨预算会计核算的要求，尤其是在一个财政账户中的多笔支出业务所涉及到预算支出的多个科目汇总的《申请划款凭证》会计实务中，无法根据凭证栏式内容记载预算支出科目（类款项目）明细账簿。实际做法是，凭《申请划款凭证》的附件（申请划款汇总清单）记载预算支出相关账簿。凭证与附件本末倒置使用上的错位，记账凭证丧失了记录经济业务、明确经济责任的书面证明作用。
（五）资金运行时滞催生第二国库
为解决国库资金清算在途时间长的问题，基层国库、财政部门也采用了一些变通违规的做法，催生出“笫二国库”：一是允许财政在代理行开立资金账户，将国库资金调度到财政开立在代理行的账户上存放，作为代理行代理国库支付的周转金。二是默认零余额账户上存放余额的现实。目前，受清算瓶颈限制（县级国库是支付系统的间接参与者）和基层同城定时、定场次清算现状的限制，在代理行不执行垫款支付的前提下，代理行每天营业终了前实收国库拨入款项后，把国库拨入款贷记财政零余额账户进行自身的会计账务平衡，导致财政零余额账户存放余额。
三、借鉴国库支票改进国库资金集中支付模式
（一）国库支票简介
建立在实时清算基础上的国库集中支付制度在发达国家运行情况良好，其中美国以国库支票为载体的国库支付模式较为典型。国库支票是由财政或预算单位签发的、通过银行进行支付的见票即付的支付工具。早在2003年，美国联邦储备委员会制定了《21世纪支票交换法案》，该法案将国库支票纳入支票管理序列。
为提高支票的清算效率，《21世纪支票交换法案》提供了一种全新的支付清算工具—替代支票。替代支票是国库支票被截留后转换成电子影像提示支票的纸质复制品，在法律上等同于被代收银行截留的国库纸质支票。替代支票由代收银行制作并发往付款行（国库），付款行（国库）据替代支票上的支付信息借记出票人存款账户。其特点：不要求国库支票必须归位到付款行（国库），无需国库纸质支票传递而清算，促进代收银行支票截留的发展，促使资金清算更加高效，确保国库资金清算渠道顺畅。
（二）采用国库支票改进国库资金集中支付
1、确立国库支票的地位和用途。一是将国库支票引入《票据法》管理范畴，在支票管理中增设国库支票种类，可细分为国库转账支票和国库现金支票两种。国库支票除具备银行支票八大要素栏外，增加国库支票附加信息栏，便于签发人记载支付款项的科目代码和类型。国库支票可以转让，但国库对背书之真伪不负认定责任。二是以国库支票取代财政直接支付凭证和授权支付凭证，将国库支票确定为财政集中支付制度下直接支付或授权支付载体。
2、建立国库支票使用的外部环境。一是国库应成为支付系统的直接参与者（目前县支库仍为间接参与者），实现国库资金实时清算，不受目前同城定时、定场次的清算模式制约。二是实行财、税、库、行横向联网，实现国库支付信息和替代支票的横向传递。三是取消代理行代理集中支付业务和财政预算单位零余额账户、预算单位零余额账户，实现真正意义上的国库资金集中支付。
3、使用国库支票完成国库资金集中支付。一是财政将各预算单位的预算支出额度和预算单位的授权用款额度（或支付信息）通知人民银行国库，国库据此监督财政支出。二是财政根据预算单位申请用款计划或预算单位在财政授权用款额度内，直接签发以商品供应商或劳务提供者为收款人的国库转账支票或现金支票，收款人到其开户的商业银行办理转账或提现业务。三是引入替代支票。商业银行接收国库支票后，制作成“替代支票”通过横向联网实时发往人行国库。人行国库据商业银行发来的替代支票影像的提示支付信息进行审核，符合支付规定的，发出同意付款回执，国库向商业银行清算资金，商业银行向收款人付款。国库支票被拒付的，支票的收款人（或持票人）向支票签发人行使追索权，要求支付。
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