传教士入华以来，基于传教之需不断同以儒学为代表的传统文化进行协调和抗争。从固有成见到体系内涵的冲突，无不体现着基儒艰难的共存性。造成此局面的原因，根本在于两重价值观的差异，同时儒学体系的自傲排外性、教育体制特性和传教士自身对中华文化的误解等都是导致反儒思想形成的原因。
一、晚清传教士反儒焦点列析
“天人关系”和“人与自然”关系的理解差异。在儒学体系下，中国人探讨人与自然关系时，集中反映在“天人”之间，对自然关注甚少，也从来未深入探讨世界本源问题，而基督教开篇便有上帝6天创世界的鲜明定位，又有时之先进自然科学知识辅助。儒家体系下的中国人忽略自然，将自然等同于泛神而在的“天”，“天”体现在“天子”，这又回归到“君权神授”，敬天子即敬天，不探讨科学原理。传教士入华后，对儒教在自然观上的缺失表示了不满和批评，近代工业革命以来，他们注重探求自然规律。美国传教士谢卫楼就鲜明的指出“儒教于诸受教造之物，未能尽心考察，故不能洞察其理，是但知其然，不知其所以然。然西人之所以益人者，非反在得其所学，亦在深意为学之法。故与训人之时，能以为为学之门径示之，不至误入歧途，不至于、拘于旧学”。
“虚实之间”的理解差异。“西人事事征实，可坐言可起行；华人事事蹈虚，口谈则理高，躬行则事缺”。此则概括了传教士对中西价值体系下不同的为学、处世风格。传统中国人的总体特征好谈道理，不好务实，好“格致穷理”，不好“事则躬行”。明清以来，科举体制弊端越发明显，纵儒士满腹经纶却不得适时而变，也不能在近代变迁下发挥实用。与此同时，“尚实学”的西学和西技、西艺、西器共同涌入，“自天文、地舆，以迄一草一木之微，皆郑重详审焉而不敢思”。儒学体制下中国士人和普通大众空谈理论，令传教士不齿，也是近代中国落后的重要原因，而传教士则早已嗅到问题所在。然而另外一个有趣的现象是，“普通的中国人在宗教方面同任何其他方面一样，追求实用”。
二、晚清传教士反儒动因析辨
晚清传教士反儒的原因首先在于儒学系统是自傲而且排外的。自古以来，华夏中心观造就了儒学体系的博大和文化的先进性，儒学只可能向外输出，比较不容易吸收迥异的域外文明，即便外者以宗教或其他方式涌来，只能是蚍蜉撼树，无关体系痛痒。至于近代，由于国体的封闭，在开国初期几十年里，儒学依然在这种自大中陶醉不已，而在传教士看来，这种盲目自大导致的排外主义是落后的重要原因。他们清晰的认识到其中缘由，而儒士大夫们却孤陋虚骄，加剧了传教士的反儒趋向。第二，教育体制顽不可摧。中国传统的教育体制笼罩在儒学浸润下，并集中体现在科举体质中，科举的桎梏是儒学控制国人意识形态的极端化，不仅成为中国士人追求功名利禄的手段，也使国人丧失了创新意识和向外开眼的'热情。这与传教士注重自然科学、注重创新实践是大不同的。第三，从传教士自身角度来说，对遥远的东方缺乏了解，照搬西方思维体系也时有存在，对中国传统文化，特别是儒家文化的坚固性估量不充分。纵然他们能以旁观者的姿态透视儒学之弊，然而并不能改变现状并使中国人转投基督怀抱。他们力图调和，会通基儒关系，但心之所向不容改变中国人的传统信仰和几千年来的伦理习惯和思维方式，根本上导致了“中华归主”的失败。
通过以上分析，中西根本价值体系和千年社会生活习惯的差异是基儒不可相融的根本原因。探讨晚清传教士的反儒观，事实上就是探讨中西文化冲突的滥觞，根本因素的顽固不化也不难理解后续历史长河中教案冲突和时至今日的中西价值观念的纷争。
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