被上帝眷念的男孩的故事讲述的是：从前有一位拥有神奇力量的小男孩，他可以把以前希望的东西变成现实。可是在他还小的时候，就被一个邪恶的厨师给抓走了，厨师骗小男孩给他变出一座城堡出来。有一天，厨师要一位美丽的姑娘杀死小男孩……
从前有个王后，上帝没赐给她孩子。每天早上她都要到花园里去祈祷上帝赐给她一儿半女。后来上帝派来一个天使对她说：“放心吧，你会有个儿子，而且他有将希望变成现实的能力，世界上任何东西，只要他想要就可以得到。”王后把这个好消息告诉了国王。不久王后果真生了个儿子，国王万分高兴。
王后每天早上都带着孩子到豢养着各种野兽的花园里去，在一条清澈的溪水里沐浴，孩子渐渐长大了。一天，小王子躺在母亲怀里，王后打着盹，有个老厨师走了过来，知道这孩子有将希望变成现实的能力，就把他偷走了，藏到了一个秘密的地方，找了个奶妈哺乳他。然后他杀了只鸡，将鸡血滴在王后的围裙和衣服上。接着他来到国王面前指责王后不该大意，使孩子被野兽吃了。国王看到王后身上的血迹就信以为真，陷入了极度的悲伤之中。他命人修建了一座高得不见天日的塔楼，将王后关了起来，要关她七年，不给她送饭送水，让她慢慢饿死。上帝派了两个天使变成两只白鸽，每天送两次食物，一送就是七年。
厨师心想：“如果孩子真的有实现愿望的力量而我又在宫里，没准会给我找麻烦。”所以他离开王宫来到藏孩子的地方，对已经能说话了的王子说：“你让自己希望有一座漂亮而且带花园的宫殿吧，还要有和它相配套的各种用品才行。”孩子话音刚落，一切便已经在他眼前了。过了一会儿，厨师又对他说：“你一个人孤孤单单的不好。要个漂亮姑娘给你作伴吧。”王子刚说要，一位美伦美奂的姑娘就已经站在他面前了，任何一个画家都无法描画她的美貌。他们两人一起做游戏，全心全意地爱着对方。厨师则像个贵族那样出门打猎去了。他突然想起没准有一天王子会希望和父亲生活在一起，那他岂不是面临杀身之祸了!于是他回来，抓住了姑娘说：“今晚等这孩子睡着了，你到他床边去拿他那把剑插进他胸口，把他的舌头和心脏取出来给我。要不然我就要你的命!”说完就走了。
第二天回来，姑娘不但没有照他的吩咐去做，还反问：“我为什么要杀一个无辜的孩子呢?他可从来没伤害过任何人。”厨师又说：“如果你不按我要求的做，我就要你的命。”等他走了以后，姑娘让人抓来一头鹿杀了，取出心脏和舌头放在盘子里。当她看到老头走过来时，赶紧对小男孩说：“快躺下，用衣服蒙住自己。”那恶棍进门就问：“孩子的心和舌头呢?”姑娘端着盘子递给老厨师，可王子一把掀开被子，说：“你这个老坏蛋!为什么要杀我?我现在就定你的罪：变成一只黑卷毛狗，脖子上套着金项圈，你得吃烧红的炭，直到你喉咙里冒火为止。”刚说完，老头就变成了一只黑狗，脖子上套着个金项圈不能乱动。王子命人拿来烧红的炭火，黑狗只好往嘴里塞，直吃得喉咙里往外冒火苗。
王子站了一会儿，想起了母亲，不知道她是不是还活着。他对姑娘说：“我要回到自己国家去。如果你愿意和我一起去，我会为你提供一切所需要的东西。”“唉呀，路那么远，”姑娘回答说，“而且又是到一个陌生的国家，谁都不认识我，我去干什么呢?”她似乎不大愿意同去，可王子又不愿意就此分手，所以希望她变成一株美丽的石竹花带在身边。接着，王子出发了，那只黑狗只好跟在后面跑。王子来到囚禁母亲的那座高高的塔楼，希望能有架长梯让他能爬到顶上去，梯子就真的出现了。他爬到顶上朝下喊：“亲爱的王后陛下，您还活着么?”王后回答说：“我刚吃完饭，这会儿还饱着呢。”王后还以为是那两个天使呢。王子又说：“我是您亲爱的儿子呀!以前你以为我被野兽吃了，可我还活着，我要救您出来!”
他爬下塔楼去见父亲。开始他让人通报说自己是个猎人，问国王是否需要他做什么。国王说只要他精通狩猎，能捕获猎物就行。那时候，这个国家还从来没有过鹿，猎人答应去捕鹿，而且说王宫里要多少就捕多少。他把所有的猎手都召集到森林里，围成一个大圈，自己站的那头留了个缺口，然后说出他的希望，立刻就有两百只鹿在包围圈里四处奔逃。猎手们纷纷射杀，捕获的猎物将带来的六十辆大车都装满了。这是许多年来国王第一次捕到这么多猎物，他因此十分高兴，下令第二天王宫上下都来参加盛大宴会，和他一起共享猎物。等大家都到齐了，国王对猎人说：“既然你如此聪明，坐到我身边来吧。”可猎人回答：“国王陛下，您千万要宽恕我无法从命，因为我不过是个普通猎人而已。”可国王坚持说：“你坐在我旁边。”猎人就坐下了。他想到了最亲爱的母亲，希望国王身边的近臣能提起她，问一问塔楼里的王后是否仍然活着之类的话题。这念头刚出现，就听到礼仪官说：“陛下，我们在此欢庆，不知塔楼里的王后怎么样了?还活着没有?”
可是国王说：“别提起她!谁叫她让野兽吃了我亲爱的儿子!”猎人站起来说：“尊敬的父王陛下，我就是您的儿子，王后还活着，我也没有被野兽吃了。是邪恶的厨师趁母后打瞌睡的时候把我偷走了，然后杀了一只鸡，撒了一些鸡血在她的衣裙上。”说着就将那只黑狗牵上前来，说：“这就是那个恶棍。”又叫人取来通红的炭火，黑狗在众目睽睽之下吞食炭火，直吃得火苗从喉咙里往外窜。猎人又问国王要不要看看狗恢复本来面目，然后将这个希望说了出来。狗立刻回复到厨师原来的样子：穿着白围裙，手里拿着餐刀。国王一看到厨师，十分痛恨，立刻下令将他关进最深的地牢里去了。猎人又说：“父王，您是不是愿意看看将我扶养长大的那位姑娘?厨师曾要求她杀死我，否则要她的命，可她还是没杀。”国王说：“我愿意见她。”儿子说：“尊敬的父王，我愿意让她以一种美丽的鲜花的面貌来见您。”说着从口袋里掏出一枝漂亮的石竹花，国王从来没见过比这更漂亮的花呢。儿子说：“我现在让她恢复原形吧。”他将希望说出来，鲜花马上变成了一个美貌的姑娘，世界上哪个画家都无法画出她的美貌来。
国王派了两个女侍和两个男侍去塔楼将王后接到了宴席厅。但是王后什么都没吃，只说：“当我在塔楼里时，仁慈的上帝一直关照我，他很快就会让我解脱了。”她活了三天，然后就幸福地死去了。下葬那天，那两个给她送食物的天使变成两只白鸽跟随她到了墓地，并停留在她墓冢上。尽管老国王下令将厨师处以分尸的极刑，可悲伤仍使他的心灵倍受折磨，他不久也去世了。他的儿子和被他变成石竹花带回来的美丽姑娘结了婚，不过只有上帝才知道现在他们是不是还活着。