康熙幼年智勇双全除鳌拜的故事一直是历史文学作品里的热门主题，虽说是一朝之君，但小小年纪如何清除顽党，或许幕后的推手是不可缺失的重要角色。
玄烨继位后，四辅臣“擔当国事，裁决庶务;入白太后，则别无可否，惟唯诺而已。”可见孝庄放手使用，四辅臣权力很大。加之缺乏监督、约束的机制，辅臣中个别人逐步走上结党营私、擅权乱政之路。
由于历史的原因及某些政见不同，辅臣中两黄旗的索尼(正黄旗)、遏必隆、鳌拜(镶黄旗)，与正白旗苏克萨哈的关系日渐紧张。另一方面，随着时间的推移，鳌拜居功自傲，权力欲逐步滋长，他联合遏必隆，扩展镶黄旗实力，擅杀朝中与自己存有积怨的满臣，专横跋扈的作风愈来愈显著。
四辅臣于辅政期间做了不少有益的事，然而对处理满汉关系，却采取保守、倒退方针，在恢复祖制、首崇满洲的旗号下，歧视汉官，使后者的积极性受到严重挫伤。当时，反清复明的战火尚未完全平息，经济凋敝，百废待兴。因满臣还缺乏治理经验，又不能与汉官密切合作，以致大大妨碍了国家机器的正常运转，而一些投机分子逐步取得辅臣信任，为非作歹，更加重了问题的严重性。玄烨亲政前夕，已是“学校废弛而文教日衰”，“风俗僭越而礼制日废”，地方、朝中弊端丛生。
玄烨年龄还小，对此自然难以应付，但政治经验丰富的孝庄，却不露声色地密切注视事态发展，在继续任用辅臣的同时，采取了一些防患于未然的措施。
康熙四年(1665年)九月初八日，禀照祖母慈谕，12岁的玄烨举行大婚典礼，索尼的儿子内大臣噶布喇之女赫舍里氏正位中宫，遏必隆之女落选，成为皇妃。
在为孙儿择立皇后时，孝庄舍去遏必隆之女，选中赫舍里氏，旨在防范鳌拜借镶黄旗之女成为皇后之机，进一步扩大实力，同时也是针对主幼臣骄的情况，对清朝元老索尼及其家族予以荣宠的笼络措施。
孝庄此举还改变了皇太极和福临时期，皇后莫不出自蒙古博尔济吉特氏的惯例。这并不意味着忽视满蒙贵族联姻政策，而是从巩固皇权、安定政局的现实需要出发，反映出这位杰出女性的战略眼光与灵活策略。
玄烨大婚标志少年皇帝正在步入青年，其亲理政事已为期不远。换言之，孝庄是以此为孙儿早日亲政制造舆论，打下基础。
当鳌拜得知玄烨选后的结果时，因希冀落空，“心怀妒忌”，气恼万分，竟与遏必隆一起入宫“奏阻”。这恰恰证明孝庄此步棋的巧妙:既分化了四辅臣，使索尼同鳌拜之间出现芥蒂，又促使索尼更为效忠皇室，增加了皇室的力量。不过，从其后情况看，孝庄这时对鳌拜还未完全失去信任，仍希望他在辅臣任内能够善始善终。
康熙五年(1666年)，发生圈换土地事件。鳌拜在索尼、遏必隆支持下，将清朝入关初期圈占土地时分配给镶黄旗与正白旗的土地，强行互换，并再次圈占大量土地，致使广大农民流离失所，加剧了满汉民族矛盾。三辅臣还不顾玄烨的反对，矫诏将反对此举的大学士管户部事务苏纳海(正白旗)等三名大臣处死，造成一大冤案。这一事件说明，鳌拜并未领会孝庄的包容苦心，在擅权乱政路上愈走愈远。因此，孝庄也相应采取了进一步措施。
康熙六年(1667年)七月初七日，玄烨“躬亲大政”，辅臣“仍行佐理”。孝庄特为孙儿收权安排一过渡阶段，以使他在实践中逐步提高;同时也让辅臣有个适应过程，将他们因交权而产生的失落感，减少到最低程度，从而保证此次权力交接稳妥进行。
可是，树欲静而风不止。康熙六年六月索尼去世后，鳌拜成为首席辅臣，遏必隆对他亦步亦趋，苏克萨哈更加孤立。玄烨亲政伊始，苏克萨哈请求“往守先帝陵寝”，以期迫使鳌拜、遏必隆也辞去辅政。鳌拜为清除异已，独掌辅政大权，竟罗织苏克萨哈的“罪状”，企图将他置于死地。尽管玄烨坚决反对，但鳌拜等不肯罢休，一连七日强奏，竟将苏克萨哈及子孙全部处死，并籍没家产。