与申请本科不同，美国研究生院的申请是根据不同的学院和科系分开审核的，热门科系与冷门科系申请难度不同。不过，热门专业并没有绝对标准。通常而言，热门专业的学生职业发展道路较宽，收入相对较高，竞争也更激烈，如工商管理硕士(MBA)、工学院的电机系(EE)、机械工程(ME)、工业工程(IE)、计算机工程(GE)等都是比较热门的专业。
相对而言，冷门专业会影响未来的发展，收入也较低，如统计系、公共卫生、土木工程等科系都较冷门。国内学生一旦决定申请何种专业，会一定程度上决定可能会被哪所学校录取，因此，申请美国大学专业需要慎重考虑，既要从自身兴趣出发，又要考虑到将来就业，同时还要兼顾申请的难度。
若对专业没有特殊要求，申请相对冷门的专业，进入名校的几率更大。如同样是GRE1280分、GPA3.4，申请冷门专业很可能进哥伦比亚大学、康奈尔大学等名校，而申请热门专业也许只能进纽约州立大学。同时，申请冷门专业并不代表毕业后找不到好工作。比如，大多数美国大学公共政策专业提供的课程涉及商学院、法学院、公共政策学院等相关领域的课程，范围涵盖社会、文化、经济、金融、人权等知识，而公共政策专业注重对学生逻辑思维以及国际观点的培养，有利于中国学生克服地域文化差异，有机会成为营销、策划等经营管理人才，也可跨专业选择就业。
选择出国留学的群体通常可分为两类，一类是有标准化成绩，但本专业自己不喜欢，或所读专业不利于就业;另一类是无标准化成绩，想马上出国，换一种学习环境。建议第一类学生可通过转专业或选择交叉学科来申请赴美留学，以降低录取难度，争取进排名较高的学校，同时注重实习的重要性，积极争取一些大企业实习机会，增强自身综合素质，提高就业机会;第二类学生则适合申请工作机会与“双录取”学校都较多的波士顿、纽约等城市。