农村留守儿童伤病住院率最高
同样是由于缺乏父母有效的照料以及农村的物质文化生活水平和医疗卫生服务条件相对落后，农村留守儿童的身体健康水平也低于其他类型的儿童。
以一年内因受伤或生病而住院作为考察身体健康水平的指标，数据分析结果显示，随迁儿童的一年内伤病住院率最低，为6.8%。但这并不意味着随迁儿童所处的环境对其健康最有利，在很大程度上是由于父母在决定是否带孩子一起外出时,孩子是否足够健康是一个重要条件。城市儿童的一年内伤病住院率次低，为7.7%;农村完全家庭儿童的年伤病住院率进一步升高，达8.6%;而农村留守儿童的年伤病住院率则要明显高于其他类型的儿童，单亲离家农村留守儿童的年伤病住院率高达10.3%，双亲离家农村留守儿童的年伤病住院率也有9.5%。双亲离家农村留守儿童的年伤病住院率低于单亲离家农村留守儿童并不一定意味着其平均身体健康水平要好，在很大程度上可能是由于双亲离家农村留守儿童缺乏父母的照料，即使是生了病也很少被送去医院。即使如此，双亲离家农村留守儿童的年伤病住院率也位居第二。
以5分制对健康自我评价的水平进行打分，1分代表非常不健康，逐步上升至5分代表非常健康。数据分析结果显示，城市儿童和随迁儿童的健康自我评价水平一样高，平均分都为4.1分;农村完全家庭儿童的健康自我评价水平则下降至4.0分;而农村留守儿童的健康自我评价水平最低，单亲离家农村留守儿童的平均分只有3.8分，双亲离家农村留守儿童则为3.9分。
农村留守儿童心理健康问题最严重
数据显示，由于农村留守儿童的父母长时间在外，使得儿童与父母的亲密程度不够。用5分制来计算儿童与父母关系的亲密程度，1分代表不亲密，5分代表非常亲密，可以看出，儿童与母亲关系的亲密程度要高过与父亲关系的亲密程度。无论是与父亲或母亲的关系，农村完全家庭儿童的亲密程度都是最高的，居第二位的都是城市儿童，第三位是随迁儿童，而农村留守儿童与父母关系的亲密程度更低，其中双亲离家农村留守儿童与父母关系的亲密程度最低。在与父母的亲密程度不够的同时，农村留守儿童还存在情感性与工具性支持缺乏程度最高的问题。当儿童有想与人聊天谈心的情感性支持需求时却无人可找比例最高的是单亲离家农村留守儿童，达5.8%;其次为随迁儿童，为5.0%;再次为双亲离家农村留守儿童，只稍低一点，为4.9%;城市儿童又次之，为4.2%;农村完全家庭儿童的比例最低，只有3.3%。而在儿童需要向人求助而出现工具性支持需求时，双亲离家农村留守儿童出现无人可找的比例最高，为4.1%;其次为随迁儿童，为3.7%;再次是单亲离家农村留守儿童和城市儿童，都为3.5%;而农村完全家庭儿童的比例最低，只有2.6%。
正是由于与父母关系的亲密程度不够，情感性支持与工具性支持严重缺乏，加上其他的相关原因，农村留守儿童的心理健康问题最严重。通过对儿童心理抑郁程度进行测量，以100分作为最高分，其中城市儿童的心理抑郁程度得分最低，为47.1分;其次为农村完全家庭儿童，只稍高一点，为47.3分;再次为随迁儿童，为48.3分;而农村留守儿童的心理抑郁程度得分最高，都超过了50分，其中单亲离家农村留守儿童为51.0分，而双亲离家农村留守儿童的心理抑郁程度得分更是高达53.5分。