三是在研究方法上，马XX提出要“研究任务带学科”和“从问题出发”，而后30多年来工经所也一直坚持下来。所谓“研究任务带学科”，是指工经所不是单独的进行某个学科的理论研究和教科书研究，而是根据国家发展阶段和改革开放阶段面临的最迫切的、最重大的、最前沿的难点和重点问题研究来促进学科建设。所谓“从问题出发”，是指不照搬西方理论或完全从教科书出发，而是将一些重大问题作为研究对象和目标，从而使我们理论联系实际，真正有一个落脚点。从研究队伍建设来讲，研究人员既需要良好的理论功底和理论水平，也需要有对实际问题的把握能力，这才是工经所的核心竞争力。
学部委员金XX分析了工经所的影响力，并提出了进一步提升影响力的途径。他指出，工经所在国内是一个很有影响的研究机构。影响的标志性表现主要有三个。一是成果。工经所历史上出了很多的重要成果，对国家和社会产生了很大影响。二是人才。研究所究竟有多少在学术界的领军人物。三是组织。既包括自身的组织结构，也包括构建的社会研究网络。工经所在这三方面都有着比较突出的表现。从人才来看，由吴太昌等主编的《影响新XX60年经济建设的100位经济学家》中，工经所的人数是所有研究机构中最多的，有7人入围。从组织来看，不断的创新、创业是工经所的一大特点，而且工经所创建了一个很大的社会网络。工经所有三个学会，三本杂志，出版工作和研究工作形成了很好的协作，在一些领域作为全国学术领头单位，得到了认可。
当前，工经所进入新的历史时期，面临着科研管理体制和管理方式的改革，下一阶段还要面临事业单位的分类改革。这些对于工经所的发展会有影响的。工经所应按照老一辈的传统，不断创新、创业，在学术研究上保持和提升自身的影响力。现在工经所的年轻人受过很好的学术训练，特别是在现代研究方法上有着很好的基础，但需要进一步加强对XX现实的了解，也就是“接地气”，需要用年轻人的优势继续秉承传统。