第四章 监督管理
第十五条 科技部、财政部、税务总局建立随机抽查和重点检查机制，加强对各地高新技术企业认定管理工作的监督检查。对存在问题的认定机构提出整改意见并限期改正，问题严重的给予通报批评，逾期不改的暂停其认定管理工作。
第十六条 对已认定的高新技术企业，有关部门在日常管理过程中发现其不符合认定条件的，应提请认定机构复核。复核后确认不符合认定条件的，由认定机构取消其高新技术企业资格，并通知税务机关追缴其不符合认定条件年度起已享受的税收优惠。
第十七条 高新技术企业发生更名或与认定条件有关的重大变化(如分立、合并、重组以及经营业务发生变化等)应在三个月内向认定机构报告。经认定机构审核符合认定条件的，其高新技术企业资格不变，对于企业更名的，重新核发认定证书，编号与有效期不变;不符合认定条件的，自更名或条件变化年度起取消其高新技术企业资格。
第十八条 跨认定机构管理区域整体迁移的高新技术企业，在其高新技术企业资格有效期内完成迁移的，其资格继续有效;跨认定机构管理区域部分搬迁的，由迁入地认定机构按照本办法重新认定。
第十九条 已认定的高新技术企业有下列行为之一的，由认定机构取消其高新技术企业资格：
(一)在申请认定过程中存在严重弄虚作假行为的;
(二)发生重大安全、重大质量事故或有严重环境违法行为的;
(三)未按期报告与认定条件有关重大变化情况，或累计两年未填报年度发展情况报表的。
对被取消高新技术企业资格的企业，由认定机构通知税务机关按《税收征管法》及有关规定，追缴其自发生上述行为之日所属年度起已享受的高新技术企业税收优惠。
第二十条 参与高新技术企业认定工作的各类机构和人员对所承担的有关工作负有诚信、合规、保密义务。违反高新技术企业认定工作相关要求和纪律的，给予相应处理。
第五章 附 则
第二十一条 科技部、财政部、税务总局根据本办法另行制定《高新技术企业认定管理工作指引》。
第二十二条 本办法由科技部、财政部、税务总局负责解释。
第二十三条 本办法自2016年1月1日起实施。原《高新技术企业认定管理办法》(国科发火[2008]172号)同时废止。
变化：
变化一：在知识产权方面，取消独占许可类型的知识产权。与自主研发、受让、受赠、并购等取得知识产权相比，“独占许可”取得知识产权是通过签署“独占许可协议”的方式获取，涉及境外知识产权在中国境内的独占许可协议，目前国家知识产权局尚不予受理备案登记，主管机关核查困难，在此背景下，新规予以取消。
变化二：在人员比例方面，放宽对科技人员和研发人员比例的要求。新办法由现行“科技人员占企业当年职工总数的30%以上”调整为“科技人员占企业当年职工总数的比例不低于10%”，同时取消了“大学专科以上学历”的限制;取消“研发人员占企业当年职工总数的10%以上”的规定。对于部分传统行业的大型企业而言，是一大利好。
变化三：在研发费用方面，降低研发费用比例要求。研发费用比例是在高新企业认定中最为核心的指标之一，新办法将“三档”降为“两档”，以2亿元作为分水岭，设置4%和3%两个比例。将2亿元以下统一设置为4%，取消6%的比例规定，意在鼓励中小企业的科技创新和发展，使得包括“新三板”在内的'中小企业可以申请高新资格。
变化四：在申请材料方面，增加企业所得税年度纳税申报表。新办法规定，申请高新资格提交的材料中应包含“近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表 ”，同时，对企业税务的规范性提出了更高的要求，企业历年的纳税申报记录与会计报表等提交其他资料应保证内在逻辑的一致性。2014版申报表由原来的17张增加到41张，为税务机关开展所得税后续管理和风险管理、纳税评估提供了基础信息。
变化五：在年度备案方面，增加填报“年度发展情况报表”要求。现行办法并没有明确要求高新企业年度进行备案，而是在国税函【2009】203号文第五条就产品(服务)范围、研究开发费用、高新技术产品(服务)收入笔比重、科技人员比例，要求企业应向主管税务机关备案。新办法将高新企业年度备案列为法定义务，在具体备案的内容上基本与203号文保持一致，特别需要强调的是，按照新办法第十九条的规定，”累计两年未填报年度发展情况报表的“，将被取消高新技术企业资格，同时依据本条的规定，被取消高新技术企业资格的企业要被追缴其发生上述行为所属年度起已享受的高新技术企业税收优惠“。
变化六： 在名称等信息变更方面，未进行报告将被取消高新企业资格。在新的规定出台之前，企业可以参考123号文的要求，及时向主管部门报告。否则按照新办法的规定，将被取消高新技术企业资格，并要被追缴其发生上述行为所属年度起已享受的高新技术企业税收优惠。
变化七： 企业重大违规行为将被取消高新企业资格并补税。现实生活中存在由于高新技术企业的一个轻微违规行为，便被取消资格的现象，因此，新规定更加尊重实际工作中的千差万别，更公平合理。值得注意的是，主管机关将会有很大的自由裁量权，因此国家需要有进一步规定来防范权力滥用。现行办法规定，法定情形下取消的高新技术企业未来5年不得申请高新资格，但新办法予以取消，并规定是按照征管法予以处理，体现了税收法定原则。
变化八：在公示时间方面，由之前的15个工作日缩短为10个工作日，提高了工作效率，从2015年的申报来看，评审进度较以往年度有了大幅的提高，4月第一批认定的企业7月就公示，11月初就拿到证书，这是近几年来最快的一年。