2.铁道部及其相关司局(机构)在设备招投标、技术审查、上道使用上存在问题。
(1)铁道部的问题。
铁道部执行基本建设程序不规范、不认真，在铁路建设中抢工期、赶进度，片面追求工程建设速度，对安全重视不够，事故应急预案和应急机制不完善;铁路客运专线系统集成工作管理不力，规章制度和标准不健全;设立的技术系统集成项目组和系统集成办公室，未建立相应工作制度，造成集成办公室、项目组与客运专线技术部、基础部之间职能交叉、职责不清，削弱了有关部门正常职能;相关职能部门未认真履行职责，在设备招投标、技术审查、上道使用等多个环节违规操作、把关不严，进行无依据、不规范的技术预审查，同意没有经过现场测试的LKD2-T1型列控中心设备上道使用(总共在包括甬温线在内、广珠线、海南东环线的 58个车站、18个中继站使用，根据事故调查组提出的整改建议，铁道部于8月19日全面整改完毕);对上海铁路局安全生产责任制落实和规章制度、标准执行以及职工安全教育培训情况监督检查不到位。
(2)运输局客运专线技术部(司局级机构)的问题。
一是对合宁、合武、甬温铁路客运专线列控中心设备招标投标工作审查把关不严。在铁路客运专线CTCS-2级列控系统相关技术标准不系统、不完整的情况下，草率对合宁、合武线列控设备定标选型，造成两线列控设备接口不统一，无法互联互通，不能满足工程需要，引发了合肥站、合武线列控中心设备型号的变更，导致后续一系列工作操作不规范;指导、协调甬温铁路招标时，审查同意在温州南站等18个车站招标采购仅经过技术预审查的LKD2-T1型列控中心设备。
二是跟踪督促合肥站列控中心设备设计比选工作不力。在组织召开合宁铁路CTCS-2级列控系统集成方案研讨会议，要求合肥站按合宁铁路相同类型的列控中心设备进行设计比选后，跟踪督促不力，未发现通号设计院在合肥站进行列控中心设备换型的违规行为，对通号设计院在合肥站进行列控中心设备换型的违规行为失察。
三是推动无依据、不规范的技术预审查工作。运输局客专技术部推动科学技术司、运输局基础部对不具备技术审查条件的LKD2-T1型列控中心设备进行技术预审查，并会签同意没有经过现场测试和试用的LKD2-T1型列控中心设备在合宁、合武线上道使用。
(3)运输局基础部(司局级机构)的问题。
一是信号新产品上道使用管理存在漏洞。未按照职责要求制定系统完善的信号新技术、新产品的试验、审查、试用和上道使用管理制度及办法，未对信号新产品评审、试用期间保证安全生产方面作出特殊规定。
二是作为信号设备的业务主管部门，对LKD2-T1型列控中心设备上道审查把关不严。在LKD2-T1型列控中心设备没有经过现场测试和试用、审查资料不完善等情况下，会签同意科学技术司起草的技术预审查意见。
三是违规同意合武线全线改用LKD2-T1型列控中心设备。组织召开合武铁路列控中心设备类型专题会议，有关人员在LKD2-T1型列控中心设备经过技术预审查及合肥站开通使用、尚未进行现场测试的情况下，未经严格试验、审查，草率同意合武全线改用LKD2-T1型列控中心设备。
(4)科学技术司的'问题。
一是未制定明确规范的技术审查规定。未按照职责要求制定程序明确、内容具体、要求严格的有关技术审查的规章、制度和规范性文件，致使LKD2-T1型列控中心设备技术审查无依据、不规范。
二是对LKD2-T1型列控中心设备进行了无依据、不规范的技术预审查。在合宁线建设工期要求紧迫、有关司局催办和LKD2-T1列控中心设备在合肥站已经进场安装的情况下，根据通号设计院、合宁公司提交的CTCS-2级列控系统技术审查的申请，会同有关部门对LKD2-T1型列控中心设备进行了无依据、不规范的技术预审查。
三是违规同意LKD2-T1型列控中心设备在合宁、合武线试验和上道使用。会同运输局基础部、客运专线技术部印发文件，同意LKD2-T1型列控中心设备“在合宁、合武客运专线工程现场试验和上道使用的过程中，不断完善系统功能”。该文件印发上海等路局及相关单位参照实行，客观上对仅通过技术预审查的 LKD2-T1型列控中心设备在甬温铁路上道使用提供了依据。
3.上海铁路局及其下属单位在安全和作业管理及故障处置上存在问题。
(1)上海铁路局的问题。
上海铁路局安全生产责任制不落实，安全基础管理薄弱，执行应急管理规章制度、作业标准不严不细，对职工安全教育培训不力;相关单位(部门)安全管理不力，对职工履行岗位职责和遵章守规情况监督检查不到位;相关作业人员安全意识不强，在设备故障发生后，没有及时采取有效措施，未能起到可能避免事故发生或减轻事故损失的作用;上海铁路局有关负责人在事故抢险救援中指挥不妥当、处置不周全，在社会上造成不良影响。
(2)车务系统的问题。
一是调度所行车管理、应急处置不力。调度所列车调度员虽然不知道信号升级的情况，但未进一步了解电务人员维修下行三接近“红光带”情况和工务人员检查线路情况，未及时了解前行D3115次列车在下行三接近运行的详细情况，没有及时提醒D301次列车司机注意运行，违反了《铁路技术管理规程》和《高速铁路调度暂行规则》的有关规定;调度所值班负责人对有可能影响行车安全的突发情况处置不及时、处置措施不得力，对列车调度员没有及时提醒D301次列车司机的问题监控检查不力。
二是宁波车务段温州南站职工岗位责任制不落实，行车组织管理存在薄弱环节。温州南站值班员在发现D3212发车时上行出站信号机故障关闭、发现CTC 终端显示与现场轨道电路占用状态不符等设备故障情况后，虽然不知道信号升级的情况，但未严格执行《上海铁路局行车簿填记标准》和《车机联控作业》的有关规定，没有及时与D301次列车执行车机联控;车站盯岗负责人在车站转为非常站控后，没有提醒行车室值班人员及时与区间运行列车有效执行车机联控。
三是宁波车务段对本单位和所属车站安全生产基础管理及行车业务工作指导不到位，对温州南站执行车机联控作业规章、制度、标准的情况监督检查不力。 四是运输处对调度所执行有关调度和安全生产规章、制度、标准情况监督、检查、指导不力，对车务系统专业监督、检查不到位。
(3)电务系统的问题。
一是杭州电务段温州车间和瓯海工区安全基础管理薄弱，组织开展职工安全教育培训不力。电务值班人员虽然不知道信号升级的情况，但没有认真履行岗位职责和严格执行作业标准，得知出现轨道电路故障后，未对永嘉站至温州南站下行三接近、温州南站至瓯海站上行一离去轨道电路故障登记停用即进行检查确认，未经登记联系就对除5829AG之外的轨道电路设备进行插拔更换，违反了《铁路信号维护规则》的有关规定;现场值班负责人对应急值守人员的违规行为未及时制止。
二是杭州电务段职工安全教育培训工作不到位，设备故障应急管理不力，对电务值班人员遵章守纪情况监管不到位。
三是电务处对电务系统职工安全教育培训不到位，设备故障应急管理责任和措施不落实，对电务值班人员遵章守纪情况和应急处置工作监督检查不力。
(4)工务系统的问题。
温州南线路工区有关人员未按照《铁路客运专线技术管理办法(试行)》(200-250km/h部分)的规定，向列车调度员申请上道检查的调度命令，擅自打开防护网通道门上道检查作业，属于违规作业行为。
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