(二)财权与事权未理顺，专项转移支付清理整合不到位。
1.专项转移支付项目清理力度不够大。经审计核实，具有专项性质的转移支付明细项目有363项，其中“中央基建投资”1个明细专项又包含110个子项。有的专项设置交叉重复，如财政部管理的“国家水土保持重点建设工程补助”等6个专项与发展改革委管理的“水土保持专项资金”等6个专项之间，财政部管理的“农业科技推广示范”、“名优经济林”等21个专项之间，发展改革委管理的“物流业调整和振兴”、“农产品冷链物流”等13个专项之间，在资金投向、补贴对象等方面存在交叉现象。
2.有的政策目标不够协调。如农业部管理的“海洋捕捞渔民转产转业补助”主要用于海洋渔船的报废补助等，而财政部和农业部共同管理的“渔业成品油价格补助”主要用于补助因成品油价格调整增加的渔业成本，由于保留渔船领取的成品油价格补助高于报废渔船获得的转产转业补助，渔民更倾向于保留渔船，造成减船转产工作陷于停顿。个别专项分配办法与政策目标衔接不够紧密，如发展改革委管理的“重点节能工程”项目，不是按节能量而是按项目总投资的一定比例安排补助，未充分考虑项目的节能效果和不同行业的节能成本。
3.分配管理权责有待理顺。以“农林水事务”类专项为例，其中66个专项在中央本级由9个主管部门的50个司局、114个处室参与分配管理;下达到地方后仅省一级就涉及近20个主管部门，省以下也需层层审批，如广东省2013年分配的“晚造水稻种植保险保费补贴”1.16亿元，经县、市、省逐级审核，最长的历时213天才到位。同时，专项资金整合不到位，至2013年底，财政部已将“农林水事务”类中的23个专项整合为10个，但整合后的6个专项在实际安排资金时，仍按原16个专项管理，分配依据、审批程序无实质性改变，资金也不能调剂使用。