(三)部分财政资金分配不规范，有的使用中存在违法违规问题。
1.分配中存在超范围、超标准问题。一是财政部分配的“成品油价格补助”、“小额担保贷款财政贴息”、“全科医生规范化培养基地能力建设”等3个专项中，有128.32亿元超出规定的补助范围，其中由于交通运输部扩大成品油价格补助范围，多拨付116.61亿元。二是财政部在清算成品油价格补助时，未按实际油品分类结算，多支付地方12.62亿元。三是发展改革委在“重点节能工程”专项中超范围安排地方发展改革等部门车辆购置补助2.18亿元，向“防灾减灾能力建设”专项的7个项目超出标准或申请额多安排投资940万元。
2.申报中存在虚报冒领问题。由于财政专项资金种类多、项目杂，参与分配部门多，由基层逐级审核上报，信息沟通不畅，加之审核监管不到位，弄虚作假问题比较严重。重点抽查的“林业贷款贴息”、“成品油价格补助”、“农机具购置补贴”、“中央基建投资”、“县域金融机构涉农贷款增量奖励”和“农村金融机构定向费用补贴”6个专项的可疑项目中，有18.59亿元专项资金(占抽查金额的37.59%)被骗取套取。主要是：
一是项目单位和个人采取虚构项目、伪造申报材料等方式骗取财政资金。如南充鑫泓建材有限责任公司和四川安格儿建材有限责任公司2012年以来，虚构项目、私刻印章、伪造公文、虚开发票，骗取中央基建投资补助1240万元;黑龙江百禾食品有限公司在未向银行贷款的情况下，伪造银行公章、银行法定代表人名章、贷款合同、保证合同等，申报2013年林业贷款贴息104.1万元，审计指出后当地财政局未向企业拨付。
二是一些主管部门和工作人员出于地方或部门利益，审核把关不严，有的甚至默许弄虚作假行为。如滨州、新泰、宁阳的交通运输局默许当地3家公共汽车公司虚报车辆和运营里程，2010年至2013年骗取成品油价格补助1.06亿元，其中340.67万元被当地交通运输局占用。
三是有的公职人员与企业或个人内外勾结骗取财政资金，从中牟取不当利益。如山西信联机械制造股份有限公司采取将同一机具修改发动机号、重复计算等方式，虚报销售量骗取农机具购置补贴5000多万元，山西省41个县区农机系统多名工作人员协助造假，并从中收受好处。
3.使用中存在挤占挪用问题。审计9个省发现，8个省及所属12个县挤占挪用专项资金31.33亿元，主要用于日常运转、工业园区建设、发放工资津补贴等。如四川省简阳市2010年至2013年，将上级财政拨付的民生类专项资金共计14.19亿元挪用于市重大项目、工业园区建设等，影响相关政策目标的实现。