(一)两种审计方式审计计划制定的重点
为达到充分整合内部控制审计和财务报表审计的目的，内部控制审计和财务报表审计应尽量由同一组审计人员实施，两种审计的审计计划也应共同制定。结合以上对审计程序的分析，对被审计单位的风险评估程序和控制测试程序主要由内部控制审计完成，在内部控制审计计划中应详细制定这两项审计程序的计划，在财务报表审计计划中可以对这两项审计程序的计划简化表述，但应重点对实质性测试程序的计划详细编制。
(二)审计计划的持续修订是审计质量的重要保证
随着审计工作的推进，注册会计师要根据审计发现的新情况、新问题，适时对总体和具体的审计计划做出调整和修正。具体来讲，如果审计人员在内部控制审计计划实施过程中发现内部控制存在重要缺陷，审计人员应及时修正财务报表审计的实质性测试计划。同样，如果在财务报表实质性测试中发现财务报表存在重大错报，也应该考虑该重大错报对内部控制审计计划的影响，考虑是否增加内部控制审计的具体程序，扩大审计范围，以保证审计发现内部控制设计及运行中的重大缺陷。需要特别指出的是，对审计计划的调整和修正应贯穿于整个审计业务的始终，以保证审计计划能够对两种审计的整合进行起到重要的规划和指导作用，有效地提高审计质量，最大限度地降低审计风险。