(二)大学教育思想
在蔡元培整个教育体系中，大学教育思想占有非常突出的地位，这同他重视高等教育密切相关，他认为要发展中国的教育事业，办好高等教育是关键。因此，他说“自己的兴趣偏于高等教育，在高等教育方面多参加点意见”，因此，他又较长时间主持北京大学，有丰富的大学教育实践经验。因而形成了颇有创建的比较系统的大学教育思想。
过前人。特别是我们在生活在一个崭新的历史时代 ，这也是蔡元培先生生活的那个年代无1.关于大学性质的探讨
蔡元培认为大学应当成为研究高深学问的学府，这是蔡元培办学的指导思想，也是他大学教育思想的出发点。早在1912年5月16日，他以教育总长身份出席北京大学开学典礼，在演说中就提出“大学为研究高尚学问之地。”在担任北京大学校长后。他更是反复申述这一思想。1917年1月9日，他在就任校长的演说中，明确的向学生说明：“诸君来此求学，必有一宗旨，欲求宗旨之正大与否，必先知大学之性质。今人肆业专门学校，学成任事，此固势所必然。而在大学则不然，大学者，研究高深学问者也”。
蔡元培如此强调大学性质在于研究高深学问，在当时是为了扭转学生上大学为做官的陈腐观念。当时学生入学“仍抱科举时代思想，以大学为取得官吏资格之机关，而对于学问则没有什么兴趣。蔡元培指出，这是北大“著名腐败的总因”。因此，他认为要改革旧北大，“第一要改革的，是学生的观念。”
由于大学的性质在于研究高深的学问，他还提出，大学不能只是从事教学，还必须开展科学研究。他要求大学教员不是灌输固定知识，而是对学问有浓厚的研究兴趣，并能引起学生的研究兴趣;大学生也不是死记硬背教员的讲义，而是在教员的指导下自动的研究学问。为了使大学能承担起教学，科研双重任务，他极力主张“凡大学必有各种科学的研究所”。他在《论大学应设各科研究所之理由》的文章，详列了三点理由：
一是“大学无研究院，则教员易陷入抄发讲义不求进步之陋习。” 二是生活在设立研究所，为大学毕业生深造创造条件。
三是使大学高年级学生得以在导师指导下，有从事科学研究的机会。