2. 办学原则——思想自由，兼容并包
蔡元培从大学应该是研究高深学问的学府这一思想出发，提出了这一办学原则。他认为大学应该广泛吸收各种人才，容纳不同学派。如果抱残守缺，持一孔之论，守一家之言，是不可能成为真正高水平的大学。
思想自由、兼容并包的办学原则主要体现在对待学说和教员两方面，由于学说必须由人提倡、宣传和发展，教员又以研究，传授学问为己任，所以思想自由、兼容并包的办学原则，在实际中更多的是体现在对待教员方面。蔡元培聘请教员，最重要的有无专门学问。只要由真才实学，有研究学问的兴趣和能力，就聘为教员。反之，如若学术水平低，则不管什么人，坚持辞退。而对于教员的政治见解，学术派别，只要不妨碍授课，则不作为取舍标准。
当然，蔡元培提倡思想自由，兼容并包，并不是主张对新旧思想采取不偏不倚的态度，恰恰相反，其本意在于打破封建文化专制主义的束缚，发展资产阶级新文化。
3.学科设置——从偏重文理到沟通文理，废科设系
关于大学学科设置，蔡元培的思想，有一个变化发展过程，最初，他从“大学为研究学理的机关”这一思想出发，主张“要偏重文理两科”。
蔡元培担任北大校长后，又进一步主张“学术分校”理由有两条：第一、文理两科，
专署学里，其他各科偏重于致用;第二、文理两科，设有研究所，实验室等设备，如若遍设其他各科，就要增设病院，工场等，困难更大。
主张学术分校，大学专设文理两科，显然是对民国元年“大学以文理两科为主”见解的发展，目的是为了突出大学的性质在于研究学理，在蔡元培看来，“学”与“术”可分为两个名词，“学”为“学理”，“术”为“应用”。文、理是“学”，法、商、医、工、农皆为应用，为“术”。学与术虽然关系密切，但学为基本，术为枝干。 更可贵的是，蔡元培在看到了文、理分科所造成的流弊之后，进一步主张“沟通文理”。他说文理是不能分科的，文科的史学、文学均与科学有关，而哲学全以自然科学为基础。同样，理科各学科都与哲学有关，自然哲学，尤为自然科学的归纳。而且，由于学科之间的彼此交错，有些学科简直无法以文、理科来区分。因此，他主张沟通文理，和为一科。1919年，北大进行改革，撤销文、理、法三科界限。全校设立14个系，废学长，设系主任。