孔严字彭祖，少仕州郡，历司徒掾、尚书殿中郎。殷浩临扬州，请为别驾。迁尚书左丞。时朝廷崇树浩，以抗拟桓温，温深以不平。浩又引接荒人，谋立功于阃外。严言于浩曰：“当今时事艰难，可谓百六之运，使君①屈己应务，属当其会。圣怀所以日昃匪懈，临朝斤斤，每欲深根固本，静边宁国耳，亦岂至私哉！而处任者所志不同，所见各异，人口云云，无所不至。顷来天时人情，良可寒心。古人为政，防人之口甚于防川。间日侍座，亦已粗申所怀，不审竟当何以镇之？《老子》云‘夫唯不争，则万物不难与之争’，此言不可不察也。愚意故谓朝廷宜更明授任之方，韩彭可专征伐，萧曹守管籥②，内外之任，各有攸司。深思廉蔺屈申之道，平勃相和之义，令婉然通顺，人无间言，然后乃可保大定功，平济天下也。又观顷日降附之徒，皆人面兽心，贪而无亲，难以义感。而聚著都邑，杂处人间，使君常疲圣体以接之，虚府库以拯之，足以疑惑视听耳。”浩深纳之。
及哀帝践阼，议所承统，时多异议。严与丹阳尹庾和议曰：“顺本居正，亲亲不可夺，宜继成皇帝。”诸儒咸以严议为长，竟从之。
时东海王奕求海盐、钱塘以水牛牵埭税取钱直，帝初从之，严谏乃止。初，帝或施私恩，以钱帛赐左右。严又启诸所别赐及给厨食，皆应减省。帝曰：“左右多困乏，故有所赐，今通断之。又厨膳宜有减撤，思详具闻。”严多所匡益。
太和中，拜吴兴太守，加秩中二千石。善于宰牧，甚得人和。余杭妇人经年荒，卖其子以活夫之兄子。武康有兄弟二人，妻各有孕，弟远行未反，遇荒岁，不能两全，弃其子而活弟子。严并褒荐之。又甄赏才能之士，论者美焉。五年，以疾去职，卒于家。