很久以后，他又上疏弹劾吏部尚书陆光祖、四川提学副使冯时可、应天巡抚李涞、顺天巡抚王致祥、礼部侍郎韩世能、尚书罗万化、南京太仆卿徐用检。朝廷的大官都很怕他。当时，正好考选科道，陈登云因而上疏说：“近来御史官，壬午以前害怕淫威，刚正的变温柔了；壬午以后拘于情面，正直的变为谄媚。其间难道没有刚正的人吗，但不胜被攻击倾轧，没有安身的地方。二十年来，以正直提升为京官的只有一、二个人。背着皇上，培植党羽，摇尾乞怜，像所谓‘七豺’、‘八狗’，御史占了一半。台谏是为天下主持是非的，而使人践踏到这种地步，怎能希望他不顾情面，正直地处理事情，为国除掉奸人、消灭败类呢！与其因误用而贬退，不如谨慎地考察人选。”因而条陈数件事献给皇上。出任河南巡按。
那年发生大饥荒，人相互吞食。副使崔应麟看见百姓吃湖中的雁屎，便包来给陈登云看，陈登云便送到朝廷。皇上立即派遣寺丞钟化民分发库银赈恤百姓。陈登云三次巡视地方，执政严厉，按规定应当提升为京官，屡次被宫中扣住不下发，于是他称病归家。不久之后就死了。