现代社会出现了很多道德难题，这导致以解决道德难题为使命的应用伦理学的产生。一般而言，我们只要有了对特定的道德情境和与此相关的道德规范的理解和把握，在权衡利弊得失之后，就可做出道德判断和选择这里不存在道德难题。但如果我们在做出道德判断和选择时，对相关事实情境的理解有分歧，可依据的道德原则相互冲突，或是道德范畴及道德推理的有效性难以确证，就会陷入难以进行道德判断和选择的困境，这时，道德难题就出现了。由此，我们可以依据道德难题产生的原因，把道德难题区分为三类，即相关事实不清而导致的事实性道德难题;道德规范缺失和冲突而导致的规范性道德难题;道德范畴和道德推理的有效性难以确证而导致的元伦理难题。环境伦理学存在着上述三个层面的道德难题。其中元伦理难题一般不会在其他应用伦理学领域出现，但却是环境伦理学所碰到的带有根本性质的道德难题。
相对于规范伦理学而言，元伦理学不以论证和提供实质性的价值标准和行为规范为使命，它追问的是伦理学本身的合法性问题，注重研究的是道德范畴的定义和道德推理的确证。据弗兰克纳考察，元伦理学具体研究以下问题：(1)伦理学术语如“正当”、“不正当”、“善”、“恶”的意义或定义是什么?也就是说，使用了以上或类似术语的那些判断的本性、意义或功能是什么?运用这样术语和判断的规则是什么?(2)此类术语的道德用法与非道德用法以及道德判断与其他规范判断的区别如何?与“非道德的”相对照的“道德的”的意义是什么?(3)有关术语或概念，如“行为‘良心‘自由意志”、“意图‘许诺‘辩解‘动机”、“责任‘理由‘自愿”的分析或意义是什么?(4)伦理的和价值的判断能够被证明、合理化或显示其正确性吗?如果能够，那么究竟是怎样的和在什么意义上的?或者说，道德推理和价值推理的逻辑是什么?
弗兰克纳认为：在这四条中，(1)和(4)是更标准的元伦理学问题……在(1)和(4)中，(4)是基本的”〔1]。马克。蒂姆斯进一步归结道：前三个问题所关涉的是(伦理术语的)意义;第四个问题所关涉的则是(道德判断的)确证显见，环境伦理学中的核心范畴“内在价值”、基本范畴“自然权利”的定义以及直接从“内在价值”到环境伦理的推理的确证，正是环境伦理学作为一种新的伦理形态和道德思维方式所留下的元伦理难题。
1内在价值:核心范畴的定义难题
内在价值是构建环境伦理学的一个核心概念。
罗尔斯顿认为，自然界内在价值是生态伦理学的具有导向作用的、关键的、基本的、核心的范畴〔3]。诺顿也明确提到，“当且仅当环境伦理学建立在非人类自然实体具有独立于人的价值的原则论断或前提下，它才可能是一种具有鲜明特色伦理学”〔4]。可以说，环境伦理学的合法性有赖于“内在价值”的定义。
价值是元伦理学研究的基本范畴。关于价值的定义颇多，但人们对价值的含义基本能形成共识，即“价值”是客体能满足主体需要的属性。当说“X具有价值”时，意味着客体(X)具有满足主体(Y)需要的属性。客体(X)和主体(Y)可以是相分离的外在联系，即两个实体间的联系，也可以是相重合的同一个实体的内在联系。在后一种关系中，当客体(X=Y)具有满足主体(Y=X)需要的属性时，客体X是对自身的需要的满足，这时的价值，就是内在价值。按照培里的表述是“客体因其自身被欲望”6]。由此，当说“X具有内在价值”时，X必定具有主体和客体双重身份，当说“自然具有内在价值”时，自然必定具有主体和客体双重身份，也就是作为客体的自然界对于作为主体的自然界的价值，即自然界是拥有自己的“好”的实体。所以，罗尔斯顿强调：有机体拥有某种属于它自己的善，某种内在的善”。这样，对自然内在价值的证明，必定演变为对自然的主体地位的证明。这就是为什么人类中心论与非人类中心论的争论焦点由“价值”转向“主体”的原因。
问题在于传统价值理论认为只有人是主体因为只有人才有理性能力。如果非人类中心论者要证明自然具有内在价值，就必须对传统的主体理论进行批判，在理性之外重新设定主体资格的标准。非人类中心主义的各个流派正是这么做的。动物解放/权利论者对动物天赋价值的论证，就是以对物种歧视的批判为起点的。要破除物种歧视，就要限制人类对待动物的特权，剥夺人类作为惟一价值主体的地位，就要确认动物与人类平等的价值主体地位，而对两者平等地位的确认，是以它们共同具有的苦乐感受能力为标准的。生物中心论对“内在价值”的证明，则使用了更为宽泛的主体资格标准。泰勒认为，自然界是一个有机整体或共同体。在这个共同体之中，每一个有机体都是一个生命的目的中心。有机体的活动指向自身的生长、繁衍的目标，这个指向的目标就是有机体自身的“好”，有机体的各种功能都是直接地为了实现它自身的好，拥有自己的“好”的存在物就是主体而不以能否自觉意识到并自觉地去实现这种“好”为主体资格标准。
大地伦理学、深层生态学、自然价值论对“内在价值”的证明更是在泛主体化的框架里进行的。罗尔斯顿的论证最为典型。他认为动物、植物等生命体虽然不能拥有自我意识、自律能力，但是有机体也具有一定的目的性、选择的能力，比如，向日葵会趋向水和阳光，昆虫会对植物感兴趣，等等。它们都是可以利用他物为“手段”来维持自己生命存续的主体。不仅如此，罗尔斯顿还认为，大自然是一个由低到高、趋向于某种目的的过程，它创生着包括人类在内的万事万物。因此，我们可以通过确认自然的自组织性或自我目的性，将价值主体无限制地扩展到自然界的一切生命，乃至自然生态系统本身，包括人、动物、植物、有机物、社会、生物圈等一切具有调节功能的个体、整体及其自控系统。人不但不是惟一价值主体，也不是最高的价值主体，只有自然才是最高主体甚至是绝对主体。
显见，环境伦理学对“内在价值”的定义和证明最终来自于对自然主体的目的性确认，正因为如此，关于“内在价值”的定义也就存在诸多的难题。